鸳鸯阵是戚继光在抗倭战争中独创的一种阵法，此阵法以十一人为一队，居首一人为队长，旁二人夹长盾，又次二从持狼筅，复次四从夹长矛、长枪，再次二人夹短兵。阵法可随机应变，变纵队为横队即称两仪阵，两仪阵又可变为三才阵。
戚继光虽然以三箭退敌，但他深感明军存在严重问题，整肃军纪、加强装备、提高战斗力才是致胜的关键。原先世袭的旗军战斗力太差，戚继光多次上书请求招募新军。他说:“现在的官军，平时不训练，行军不带粮，打仗时没有统一号令，驻扎时不会安营扎寨，这样的军队，绝不可能抵挡身经百战、有必死之心的倭寇！”
在戚继光的一再坚持下，他终于被获准招募新兵。经过几个月的严密筛选和艰苦训练，他建立起一支以义乌农民和矿工为主的新军。戚继光还创造了“鸳鸯阵”战术，统一编组、统一口号、严肃军纪，大大提高了作战能力。
戚继光对属下士兵要求极其严格。一次，有官员到前线视察军队，突然间大雨如注，其它官兵一阵骚乱，有的甚至离队避雨，只有戚继光的军队纹丝不动，军容整齐。
戚继光对军队严格要求，自己同样以身作则。有一次，戚继光率军到浙江乐清，恰逢天降大雨。
当地的士绅百姓邀他入室避雨，戚继光说:“士兵们都在外面淋雨，统帅怎么可以独自进屋避雨呢？”戚继光治军有方，培养了严明的军纪。他领导的这支军队英勇善战，屡立战功，受到老百姓的支持和爱戴，被誉为“戚家军”。
嘉靖四十年，戚继光率军在浙江台州迎击来犯之敌，救出上万名被俘百姓，打出了戚家军的威风。
浙江倭寇被消灭后，戚继光又转向福建，成功地捣毁了倭寇的老巢。凶残的倭寇心惊胆寒，畏之如虎，他们称戚继光为“戚老虎”。
此后几年，戚家军驰骋海疆，所向无敌。嘉靖四十五年，在中国沿海横行200年的倭患终被肃清。
隆庆元年，刚刚平定“南倭”的戚继光奉命北上抵御“北虏”。他先被任命为京军神机营副将，后被任命为蓟镇总兵，负责从山海关到京师的军政事务。这一时期，戚继光做了两件大事:练兵、修长城。
