Moore指出，“当F-35C实际在舰队部署时，我怀疑绝大多数航母是否能具备容纳其大型发动机的能力。但最终，所有航母都将具备该能力”。目前，为运输F135，在陆地上，海军需要将其分解成若干个单元体；若是在海上，还需要进一步拆分这些单元体才能便于转运。在当前这个过渡阶段，海军通常动用“鱼鹰”(V-22)或“海上种马”(CH-53)来在舰只之间运送该发动机。
其次，美海军也从未有过在航母甲板上使用隐身飞机的经验。但Moore认为，维护F-35C机身上的隐身涂层并不会有很大困难。目前，美海军已经研制出了在航母的机库甲板上，不采用专门工具就可以开展必要修理工作的程序。“F-35C从设计上就做好了由地勤人员本身来维护隐身涂层的准备。这次向F-35C的转换，就如从F-14向‘超级大黄蜂’的转换一样。”
据介绍，与采用铝制蒙皮的F-14或F-18A/B/C/D不同，“超级大黄蜂”的蒙皮主要是采用复合材料制成的。结果，美海军必须改变其先前在航母上的维修程序才能应对新机型的需要。现在，面对F-35C，美海军还要进行类似的更改，以适应F-35、尤其是飞机的自主式保障信息系统(ALIS)的使用需要。
另外，由于F-35C采用两级维修，没有中继级维修站，因此，前线维修工作需要在航母上进行，而更复杂的维修项目会直接返回原生产厂家(OEM)。但据Moore透露，F-35C所需要的专用维修设备并不多，其隐身涂层甚至没有配备任何特殊的维修工具。这样，一旦发生隐身涂层严重损坏，飞机将直接返回洛马公司进行修理。
但F-35C毕竟是新型飞机，因此，它必然会有一些与众不同的需求。比如，该机需要使用的锂离子电池就从未被以前机型使用过，许多航母都没有指定的空间来存放该类电池。由于锂离子电池更易于挥发的特性所致，也并非随意找个空间就能满足要求。另外，在搬运锂离子电池时，还需要工作人员特别小心地开展工作。
还有，F-35C需要使用270伏的直流电，这也意味着航母上的充电站需要进行调整。航母上的喷焰偏转器也需要进行改装，其中的一些冷却板需要换成其他材料，甚至需要借助海水泵加快冷却。但Moore认为这个问题不大，“以往在应对‘超级大黄蜂’时，我们已经这样做过。”对于航母上还必须携带F-35C专用弹药的问题，Moore认为，“这是一个比较简单的问题”。
其实，除了机舰物理整合问题外，更大的挑战还存在于信息系统方面。由于F-35C会产出大量的保密数据，航母上还必须为保密战术简报室留出很大的空间。
