徐伟指出，跨海工程的经济风险在于建设投入和经营产出两个环节中。在漫长的工程建设过程中，汇率利率浮动、通货膨胀、设计变更、赔偿、意外事故等均会造成成本上涨，同时，由于工程资金是根据初始计划逐步投入，工期延续得越长，各类与工程建设本身没有直接关系的支出会越大。
在经营方面，跨海通道建成后应能够产生足够的社会和经济效益，作为对投资方的回报。徐伟表示，即使从现在开始准备，完工也要在本世纪中叶。彼时，随着海上、空中交通技术的发展，该跨海工程能否满足规划时的要求，发挥应有的作用，将是一个巨大的疑问。
“台湾是西太平洋地震带的一部分，附近地区是地震活动最强烈的地段之一，这是不可轻视的自然风险。”
台北市土木建筑学会理事长余烈指出，在具体的施工技术方面，可能的风险在于施工工艺选择、施工过程的排水、隧道止水、高压下衬砌设计、防水和耐久性、防灾及通风设施设计等。
通道论证需两岸民众广泛参与
专家认为，由于台湾海峡跨海工程将会由两岸合作完成，因此确定一个合理的联合管理模式十分重要。但两岸现有的体制机制不同，不论是确定管理团队还是融资模式上，都还存在一定的管理风险。
对此，徐伟建议由大陆和台湾各出资一部分资金，再向社会融资一部分，整个项目的管理、经营权归两岸共同所有，所得收入作为对社会融资的偿还。
“修建台海通道也需要在规划阶段对两岸关系的发展方向上有精确的预判。”台北市结构工程工业技师公会常务理事柯镇洋认为。
王梦恕表示，在台湾海峡复杂的地质——地震——海洋环境下建造长达130多公里通道工程，不仅投入资金浩大，而且建造工程施工条件极为艰难。
两岸同胞只有通过共谋共策，并汇集各个工程专家的智慧，探索促进该项目巨型工程规划设计，以期取得最符合自然条件，又大大节省资金和建造期的科学方案。
交通运输部规划研究院高级工程师衷平还指出，台海通道建设的提出和论证，长期以来是以民间学者为中坚力量、以学术交流为形式，论证工作总体上相对封闭，信息公开与成果共享程度低，普通民众难以参与。“没有两岸民众广泛参与，台海通道论证难以取得实质性突破，尤其在环保论证上。台海通道建设，应本着以人为本的理念，服务两岸的便捷与绿色出行，充分尊重公众的环境知情权与参与权。” 衷平表示。
