红旗-16A防空导弹采用主动单脉冲雷达制导，性能与俄罗斯SA-N-12在伯仲之间，其性能数据大致为。
有效射程1.5-30公里，有效射高10-6000米，单发命中概率0.7- 0.98，反应时间5-8秒，弹长2.9米，弹重165公斤，战斗部重17公斤、最大飞行速度2.8M(850米/秒)。
红旗-16A防空导弹弹体采用了边条翼气动布局，这可以使导弹具有很强的大攻角飞行能力，可以更为有效地拦截来袭目标，甚至可拦截飞行速度在两马赫以上的目标。
作为一种同时被海军和陆军采用的防空导弹，红旗-16A中程防空导弹做到了高低兼顾。
而在对付低空目标方面尤其有效，最低射界在15米以下，可以有效对抗掠海飞行的反舰导弹，这一能力在多次海军演习中得到了验证。
而作为陆军部队的伴随防空武器，红旗-16防空导弹的野战机动性很高，而且从行军状态转入开火状态仅需要13分钟。
红旗-16A防空导弹具备很强的多目标攻击能力，一个火力发射单元可以同时跟踪8个目标，并对其中4个进行攻击。
而它可以攻击的目标种类众多，从高空飞行的飞机到低空飞行的巡航导弹，甚至是飞机投掷的精确制导武器，红旗-16A防空导弹都能够有效对抗。
在很大程度上，红旗-16防空导弹还能够对抗敌方空中力量发动的“野鼬鼠”防空压制攻击。
