原型机的测试，使得后来的工程制造发展阶段的F-22飞机发生了一些外形上的变化。例如机翼的后掠角度减少了6度，水平尾翼形状和垂直尾翼的倾斜角度也做了修改，座舱位置也进行了移动以便让飞行员获得更好的视野。当然，和原型机外形和发动机的演示相比，F-22在工程制造发展(EMD)阶段则要进行更为全面的航电和武器系统的测试。
1997年9月，首架工程制造发展(EMD)阶段、编号4001的F-22战斗机进行了首飞。根据美国空军的资料，总共制造了11架测试飞机，从4001到4011。从制造时间来看，测试机的生产速度也是越来越快，例如1997-1998年，每年只生产了1架测试飞机，1999年生产了2架，而2000年则生产了3架测试机。不同的测试机，用途也不一样。4001号用来进行飞行品质、颤振和高攻角的测试，4002号用来测试动力系统，4003号用来测试内置武器舱和不同航空武器的兼容性等等。
特别是从4004号测试机开始，装备有完整的航电系统和控制软件。也就是和未来部队真正用来作战的F-22相比，几乎没有分别。试飞员可以用其进行目标定位、瞄准和攻击性能的测试。从4004号开始，F-22工程制造发展(EMD)阶段开始了完整航电系统的整合测试，包括雷达探测性能、通信和敌我识别、武器性能测试。此外，在4003号测试机之后，洛马公司还生产了2架编号为3999和4000的飞机进行静力试验测试。
从YF-22开始，美国总共制造了2架演示机和11架测试机。而11架测试机最后的4架，从4008到4011，则进入了美国空军进行了“初始装备测试与评估”(IOT&E)。可以说这四架测试机，和现在我们看到的正式装备的F-22几乎已经没多大差别了。
美国空军透露整个工程制造发展(EMD)阶段总共进行了2546次共4583小时的试飞。而具一些网友的计算，中国歼-20目前总共进行过60余次的试飞。
中美两军的装备研发过程并不相同。比如美军在航空发动机上的优势，是我们所不具备的。从公开资料来看，我们还没有能和F-119相匹敌的发动机。这也就意味着我们歼-20的测试过程和美国会有较大的差别。中国歼-20测试机的数量以及外形的变化都可能会有典型的“中国特色”。
