联合国教科文组织在简要介绍中称，《南京大屠杀档案》由三个部分组成：第一部分关于大屠杀事件（1937年至1938年）；第二部分关于中华民国政府军事法庭在战后调查和审判战犯的文件（1945年至1947年）；第三部分是中华人民共和国司法机构的文件（1952年至1956年）。《“慰安妇”——日军性奴隶档案》主要包括1931年至1949年关于“慰安妇”的档案，记录了“慰安妇”的情况和痛苦遭遇。
南京大屠杀档案
侵华日军南京大屠杀遇难同胞纪念馆馆长朱成山曾在2014年6月表示，在《南京大屠杀档案》中，包括身处国际安全区的金陵女子文理学院舍监程瑞芳日记；美国牧师约翰·马吉16毫米摄影机及其胶片母片；南京市民罗瑾冒死保存下来16张侵华日军自拍的屠杀平民及调戏、强奸妇女的照片；中国人吴旋向南京临时参议会呈送的日军暴行照片；南京军事法庭审判日本战犯谷寿夫判决书的正本；美国人贝德士在南京军事法庭上的证词；南京大屠杀幸存者陆李秀英证词；南京市临时参议会南京大屠杀案敌人罪行调查委员会调查表；南京军事法庭调查罪证；南京大屠杀案市民呈文；外国人日记：“占领南京——目击人记述”。
南京大屠杀与慰安妇档案
朱成山认为，这批档案历史线索清晰、记录真实可信，档案资料互补互证，构成了完整的证据链，从不同角度真实地记录了日军在占领南京期间对放下武器的中国军人和平民百姓的大肆杀戮、抢掠财物、奸污妇女的大量罪行，对于研究中国抗战史、日军暴行史，有力回应否认南京大屠杀历史的日本右翼等，具有重要的史料价值。
