为了保卫海上交通线的安全，日本海上自卫队从成立伊始便将防范对方潜艇攻击视为海上作战重点，并且根据《日美防务合作指针》内容，当日本受到武力进攻，日本独自排除又有困难时，由美国与其共同排除之。具体的作战分工是，日本负责领土及周边海域、空域的防御作战，美国负责攻势作战及对日支援作战。在这种情况下，日本海上自卫队必须承担起阻止敌方潜艇进入日本附近海域，并消灭已经进入该海域的潜艇或将其驱逐出去的任务。
目前，日本海上自卫队共有19艘潜艇，其中11艘为亲潮级，6艘为苍龙级，两艘为春潮级潜艇，春潮级为训练潜艇，必要时也可用于执行水下作战任务。日本安倍政府上台后，提出了包括潜艇在内的装备及人员扩编计划，其中潜艇规模(仅是作战潜艇，不含训练潜艇)计划扩编为22艘，一举将潜艇兵力规模扩大近40%。
日本海上自卫队的潜艇以艇龄短、信息化程度高而著称，配备有先进的反潜探测设备和攻潜武器。苍龙级潜艇装备了ZQQ-7型艇壳声呐，亲潮级装备了ZQQ-6型艇壳声呐，春潮级装备了ZQQ-5B型声呐。这三型声呐的主动探测距离为5海里～15海里以上。所有潜艇均携带89式反潜、反舰两用鱼雷和 80式反潜鱼雷，可对敌方潜艇实施有效攻击。
