不再硬性规定交通运输安检制度
一审稿规定，航空、铁路、水上、公路的货运和邮政、快递等物流运营单位应当实行运输、寄递物品开封验视制度；大型活动承办单位以及机场、火车站、码头、城市轨道交通站、公路长途客运站、口岸等重点目标的营运、管理单位应当对进入重点目标的人员、物品和车辆进行安全检查；航空器、列车、船舶、城市轨道车辆、公共电汽车等重点公共交通运输工具的营运、管理单位应当配备安保人员。以上规定均为强制性规定。
审议中，有的常委会委员、代表、地方、部门和单位提出，各地各方面情况不同，一律硬性要求，实践中难以执行。二审稿采纳了这一意见，将上述规定修改为“依照规定”开封验视、进行安全检查、配备安保人员。
电信、互联网单位拟查客户身份
针对低空空域开放和无人机等技术发展的情况，二审稿增加规定：飞行管制、民用航空、公安等主管部门应当按照职责分工，加强空域、航空器和飞行活动管理，严防针对航空器或利用飞行活动实施的恐怖活动。
根据有的常委会委员、部门和单位的意见，对草案一审稿关于电信业务经营者、互联网服务提供者预设技术接口、报备密码方案的规定进一步作了修改完善，增加电信、互联网、金融等单位对客户身份进行查验的规定，将草案一审稿规定的视频图像信息保存期限由“不得少于三十日”修改为“不得少于九十日”，增加恐怖事件发生后公安机关未能到达现场时军队、武警相应人员行使现场指挥权的规定等。
