据大部分开发商反映，各地的预征基本上都能执行，但清算完成者寥寥。据大连市地方税务局公开的研究结果表明，2007年末，在抽取的12个房地产项目样本中，平均土地增值税税负率为3.18％，50％项目为零税负。而多位房地产界人士表示，税务局来征收土地增值税，税负往往都是双方商谈而定，一般比预征额略高即可。在二三线城市，连预征情况执行得都不好。
清算力度猜想
安信证券分析师徐胜利认为，若严格执行，对于毛利率40％以上项目的利润影响应该在20％以上，占房价的比例达6％以上。假如在全国范围内严格执行细则并集中清缴过往未缴的税款，甚至可能对企业当期利润和现金流构成相当大的冲击，但执行力度有待观察。
国泰君安分析师孙建平认为，此次清算力度可能超预期，房价高、涨幅快的一线、二线城市清算力度将更大，很多高毛利项目将率先成为清算典型。他们测算，毛利率41％、50％、60％、70％的普通住宅项目，土地增值税占销售收入的比例应达到5.2％、8.5％、13.1％、19.1％，而目前只有1％-2％。
所以，土地增值税如进行严格清算，确将极大地压缩开发商净利润，将对开发商现金流和资金链产生较大负面冲击。该政策最不利于“低周转、慢开发、高毛利”开发商，令其“以时间换利润空间”的开发策略有效性大打折扣；而“高周转、快开放、低毛利”的开发商将相对获益。
孙建平还指出，土地增值税将增加地方财政收入，所以除了中央政策压力，地方财政资金越紧张的，越容易严格执行清算。他预计，地方政府还可能将土地增值税预征率从现有的1％-2％提高到5％左右。
不过，从2006年-2008年的情况来看，这一税种受宏观政策影响极大。房地产行业具有强周期性特征，经常税务局严查土地增值税还没结束，市场已从高昂转入低迷。而不少以房地产为当地经济支柱的地方政府，会倾向于保护房地产商，税务稽查常无功而返。这次会是什么结果，市场还在观望。
中央财经大学税务学院副院长刘桓认为，土地增值税虽可以在计算所得税时扣减，仍有重复计算部分，“打击惜售的根本办法还是增加市场供应量，经济问题要用经济手段来解决。”
