同时，为了表示楼盘尚未售罄，开发商也会拖延注销项目公司，因而很多项目公司实际上只是拖延税负的“空壳”而已。
根据规定，新建房地产可扣除项目非常之多，包括土地成本、开发成本（包括建筑安装工程费、公共配套设施等），仅房地产开发费用就包括了销售、管理以及财务费用。而房地产公司是滚动开发，要清算单一项目的成本非常麻烦，其间就出现了避税空间。
据业内人士介绍，常见的办法是房地产开发公司利用与自己集团内的建筑公司做关联交易，将利润转移到建筑公司，降低项目公司的利润，从而减少应付的土地增值税。而税务局负责查处关联交易中转让定价的团队与查收土地增值税的团队是分开的，这使得查处交易价格的合理性变得更加困难。更何况，境内公司之间的转让定价向来不如跨境关联交易所受的检查严格。
此外，将未竣工的开发项目整体转让，也可通过压低收入来收缩增值额。将名下未竣工的开发项目互相“倒腾”，便成为房产商协作避税的手段之一。
某地方税务局的一位工作人员对本刊记者表示，他们不愿主动去清查土地增值税，其中原因之一就是弄清楚开发商的成本和费用很复杂。一旦出了错误，税务人员要承担相关责任。
另有税务界专业人士解释称，因为土地增值税是小税种，预征操作并没有技术含量，而各地对清算操作实施的很少，造成税务工作人员对该税种研究较少，缺乏经验。此次国税总局的文件特别强调，各级税务机关要克服畏难情绪，并实行问责制。
实缴者寥寥
某大型房地产公司人士认为，土地增值税制度并非不合理，但实际执行太不统一。在如此高的税负下，“越规矩的公司越吃亏”，这就缺乏公平性。
从各上市公司的年报中可略见土地增值税的部分情况。
2009年，万科（000002.SZ）、雅居乐（03383.HK）、金地（600383.SH）计提的土地增值税分别为32亿元、33.15亿元和14亿元，在受访中他们均表示已全额拨备。
但从A股年报上并不能看出公司税负的实际缴纳状态。以万科为例，其年报中披露的应缴土地增值税为2.72亿元，但尚有大部分放在其他应付款里，根据年报无法看出这部分数额是否应在当年清缴。
对在香港上市的公司，在现金流量表中可寻到些许端倪。如龙湖地产（00960.HK）2009年报称，当年营业收入113亿元，净利22亿元，毛利率28.6％。2009年的土地增值税为4.68亿元。加上所得税，公司有效税率为39％。合生创展（00754.HK）2009年报披露，可扣减作为计算所得税用途的土地增值税2.07亿港元，扣减后为8.20亿港元，已付1.86亿港元，从现金流量表中亦可看到这笔支出，占当年销售收入的1.66％。
远洋地产（03377.HK）2009年收入为88亿元，毛利26.57亿元，毛利率30％。年报称较高的中国土地增值税影响为1.86亿元，即期支付2.48亿元，占毛利的9.3％。又如恒大地产（03333.HK）2009年年报中表明“已缴中国土地增值税”一项为2.17亿元，占全年销售收入的3.8％。雅居乐的拨备达33.15亿元，但从现金流量表看到的已付额为2.34亿元，占当年营业收入的1.76％。
而大部分公司的现金流量表中未单独披露土地增值税这项支出，由于难以准确掌握项目完工、销售等税收清算条件，投资者难以判断企业实际缴纳情况。从上述公司情况看，大多数只按照1％-2％的预征比例实缴。
房地产开发商普遍认为，全面推行清算需要一个过程。而清算征收土地增值税对于上市公司来说，其影响仅限于现金流。因为应缴土地增值税已按照收入全额计提，在财务上计入负债，因此不会影响利润表。一家房地产上市公司董秘称，清算土地增值税对现金流的影响大概是“五六个点左右”。
申万的研究报告分析，土地增值税新政对上市公司现金流的影响平均约为5％。比如，万科未缴纳的土地增值税占2009年销售回款的5.5%，金地为7.4%，保利为2.1%，而对华侨城A（000069.SZ）、世茂股份（600823.SH）、亿城股份（000616.SZ）的影响则超过10％。报告认为，苏宁环球（000718.SZ）、滨江集团（002244.SZ）、张江高科（600895.SH）存在计提不足问题。
王青松认为土地增值税清算不影响地产商利润的说法过于轻描淡写，“房地产是一个现金为王的行业，十几亿的应付款在账上趴着，和这十几亿被税务局拿走，概念当然不一样。”
