马云亦披露了淘宝在主动介入打假中的作为，他直接点名指出，淘宝曾向福建莆田地方政府举报制假集团线索，但毫无结果;后来请杭州警方协助，才打掉了一部分售假团伙。“在这个巨大的黑色产业链中，如果不把制假基地打掉，我们大家永远是在瞎扯”。
淘宝称投入2000客服维权
对于央视披露的几个案例，淘宝网有关人士回复称，在节目播出前，买到假皮包的消费者已经获得了假一赔三的赔付，相关款项打到了该消费者的支付宝上。但对于经销商指责淘宝侵权销售独家代理商品的案例，淘宝网在回复该经销商时表示，中国大陆的独家代理并不能证明淘宝网店的销售行为已经构成侵权，而电子商务和传统的商业模式完全不同。
由于淘宝网拥有上百万店家的庞大数量，承担的打击售假任务的确异常繁重。时任淘宝网CFO的张勇透露，淘宝2010年全年接到1260万来电投诉，占交易总量万分之六;接受并处理维权216万起，仅仅在这一个环节上，淘宝即投入了2000名客服人员。淘宝采用的打假模式亦基本符合互联网的平台原则，即权利方或消费者主张、举报，淘宝再进行事后清查。这导致其平台上的打假相对于售假产生了一定的滞后性。
淘宝再入“恶名市场”名单
电商分析人士认为，既冲在了电商渠道与传统渠道激烈冲突的第一线，也承担了电子商务初期鱼龙混杂、真假掺杂的客观现状，导致淘宝网同时承担了过多的责任与义务，这成为后来的淘宝商城独立乃至提高进入门槛的重要原因。
2011年12月，淘宝进入美国贸易代表办公室“恶名市场”名单。美国贸易代表办公室认为，淘宝虽然在打击假冒产品方面取得了“显著进展”，但要杜绝这一问题还有“很长的路要走”。
中国商务部曾对此表示了严重不满，称“中方认为美方应该全面客观反应中国政府和企业在知识产权保护方面所做的努力和取得的进步”。
第三道坎儿2011年5月10日
支付宝所有权转移引道德争议
事由：雅虎提交的公开文件显示阿里巴巴集团已经将支付宝的所有权转让给马云控股的一家纯内资公司。支付宝随后表示这是根据央行有关第三方支付牌照的规定，为了保证支付宝获得牌照而做的安排。
结果：阿里巴巴集团三大股东阿里巴巴、雅虎、软银宣布达成协议，支付宝的控股公司承诺在上市时予以阿里巴巴集团一次性的现金回报。回报额将不低于20亿美元且不超过60亿美元。
支付宝事件致雅虎股价大跌
雅虎公司2011年5月10日提交给SEC一份公开文件显示，阿里巴巴集团已经将支付宝的所有权转让给马云控股的一家纯内资公司。
这一消息的披露导致雅虎股价大跌。因为大部分投资者认为，在雅虎持有的40%阿里巴巴股份中，最有价值的资产就是尚未上市的淘宝网和支付宝。支付宝控制权脱离集团进入马云控制的另一家公司，将导致雅虎的资产进一步缩水。
两天后，支付宝发表官方声明确认所有权转移一事，并表示这是根据央行有关第三方牌照的规定，为了保证支付宝获得牌照而做的安排。此前，央行在第三方支付企业的管理办法中只详细规定了内资企业获得牌照的办法，而由于中国大多数互联网企业均采用VIE(协议控制)结构，因此作为拥有两个外资大股东雅虎、软银的阿里巴巴子公司的支付宝，其股权结构中同样存在外资成分。
业内论战马云商业道德
雅虎后来的声明披露，2011年3月31日，雅虎和软银收到阿里巴巴集团关于2笔交易的通知。这2笔交易没有通知阿里巴巴集团董事会和股东，也没有得到他们的批准。第一笔交易是2010年8月支付宝所有权的转移。第二笔交易是2011年第一季度对支付宝实际的分拆。
马云则于2011年6月14日首次公开对媒体表示，阿里巴巴董事会曾以纪要形式授权管理层采取措施获取支付牌照。但“做出(控制权转让)协议的事雅虎董事和软银董事都知道。不是说他们不知道，而是没有达成协议。在没有达成协议的情况下，第二天就要递交(支付牌照申请)报告了，我能怎么办?”
在评价自己做出的这一决定引起的争议时，马云表示，尽管这个决定不完美，甚至“也可以说是一个艰难的决定”，但它是正确的。
财新掌门人胡舒立、易凯资本CEO王冉随后均发表长文，认为马云此举有违商业道德，由此引发支付宝事件大论战，史玉柱等企业家公开支持马云，称支付宝涉及国家金融安全，不能由外资掌控。
马云有意“收购雅虎”
阿里巴巴、雅虎、软银三方于2011年7月29日达成协议，支付宝的控股公司承诺在上市时予以阿里巴巴集团一次性的现金回报。回报额为支付宝在上市时总市值的37.5%(以IPO价为准)，回报额将不低于20亿美元且不超过60亿美元。支付宝事件由此尘埃落定。
整个事件中，由于雅虎持有阿里巴巴集团近40%的股份，马云深切体会到董事会不占优势的后果。在雅虎于当年9月解雇CEO卡罗尔·巴茨后，马云随后在斯坦福大学演讲中表示，有兴趣“收购雅虎”。尽管此后再无权威渠道表态，但国外媒体和投行分析认为，阿里巴巴更可能采取的措施是回购雅虎持有的股份，这样既可以使雅虎获得充裕的现金，并将精力集中在其广告主业上，也可以使阿里巴巴获得更多的自主权。
第四道坎儿2011年10月11日
淘宝商城新规引发小商户围攻
事由：淘宝商城2011年10月10日推出2012年度新招商办法和规则调整公告，大幅提升了进驻商家的技术服务费和保证金。由于认为该规定人为拉开了大卖家与小卖家的差距，10月11日晚间开始，淘宝商城一些大卖家开始遭遇“订单潮攻击”。组织攻击的语音频道中最多时曾聚集五万人。
结果：马云宣布淘宝商城的新规将对大部分老卖家推迟一年实行。他同时表示，这次推出新规则的过程中沟通出了问题，他愿意道歉;但不接受以攻击别人店铺的方式表达的意见，“原则问题决不妥协”。
新规提高商家准入门槛
2011年10月11日爆发的围攻大卖家事件集中体现了淘宝模式积累已久的冲突。尽管淘宝官方于11月26日发布消息称，围攻事件的组织者因销售假冒LV包已经落入法网，围攻事件中部分组织者因信用炒作、销售违规物品曾被淘宝处罚，但在整个商城事件中，有大量小卖家通过微博、语音频道等方式倾诉了对商城提高门槛措施的愤怒。
