吴宇森说，他自己对3D电影不热衷，也认为爱情史诗题材的电影不适合做成3D。“我认为3D电影其实不像电影，更像是玩具。因为它要求每一个细节都清楚。这样导演就不能把焦点放在某一个演员身上。比如，两个演员在画面里，后面的一位在流泪。我就会把焦点放在后面演员的身上，找到情感表达的点。如果是3D的话，可能观众会只注意到前面的演员，这样就会错过感情点。”
在吴宇森看来，电影就是导演用摄影机在作画。作画就有构图，而采用3D拍摄的话，每一细节都清楚，那就不是构图了。然而，在投资方的劝说之下，吴宇森还是接受了拍3D《太平轮》的建议。“3D拍摄不适合爱情电影。我接受做成3D版本有一个条件：《太平轮》感情戏的部分，我用2D的正常拍摄剪辑手法来做，到了动作场面才用3D的方式。”
接受了3D的建议之后，吴宇森就不得不接受第二个建议——上下集。“既然是发行3D版本，那么3个小时的电影就太长了，观众眼睛忍受力没有那么长久。而剧本里的三个爱情故事都非常精彩，删掉任何一个都觉得可惜。
《太平轮》3D效果遭吐槽 差评多，
投资方计算下来，认为可以分成上下两集。第一集拍战争，第二集看‘太平轮’的沉没，我也没有反对。”吴宇森说，他原本建议只有下集叫“太平轮”，上集另外起一个文艺一些的名字，也没有得到认同。
