惟一没被殖民者破坏的地方考古学家判断，马丘比丘是印加王帕查库提于15世纪中后期建造的，面积9万平方米。城中宫殿、神庙、街道和水利设施等一应俱全。因被遗忘在高山丛林中数百年，至今一切 还保留着当初的模样。
1532年，数百名西班牙人攻入印加帝国，利用和印加王谈判的机会处决了他。之后，西班牙人开始在那里殖民统治和疯狂掠夺。也许正因为马丘比丘地势险要，才没被西班牙 军队找到，逃过一劫。直到1911年，美国探险家宾汉姆在寻找民间传说中“消失的印加城市”时，因走错路偶然在荒山蔓草间发现了这个古文明的最后驿站。
据说，被发现时，古城里散落着100多具骷髅，男女比例为1∶10。有人因此推断，马丘比丘是祭祀场所，因为印加人崇拜太阳，女人被视为太阳的贞女；也有人说，那里是当 时贵族聚会之地，这些女人是供男人享乐的。
