即便如此，他们的家园也受到越来越严重的威胁，他们的生活方式乃至生命也遭受挑战，甚至有濒临绝种的危险。由于中非地区局势不稳，战火此起彼伏，种族屠杀时有发生，对自然资源的掠夺性开发从未停止，俾格米人世代生存的家园和生存环境受到了首当其冲的破坏。一些国家公园的建立，也迫使数以千计的俾格米人搬离家园。现代文明的入侵也影响到他们世代延续的原生态的生活方式。一些活动在丛林地区的反政府武装经常雇佣这些高明的猎手到森林中去为他们寻觅食物，一旦一无所获，这些俾格米人就会成为反政府武装人员的盘中餐。当地人还错误地认为，吃了俾格米人的肉特别是性器官有助于增强体质和力量，提高性欲，这种传言也加剧了人吃人惨剧的发生。俾格米人由于身材矮小，皮肤细嫩，肤色和头发也有别于其他黑人，而备受歧视，被看作是下等人、野蛮人甚至是野兽，因此被别人心安理得地吃掉。在卢旺达种族大屠杀前，该国约有2.9万左右的俾格米人，现在只剩下2万人左右。据不完全统计，全世界的俾格米人目前只剩下60万左右。
