公诉机关在退回侦查时，曾要求公安机关找到王植等证人，了解案发当年所作陈述是否属实，并要求对王植、宋英笔录上的手印、笔迹进行鉴定。然而，因王植等证人“下落不明”，致使这些补充侦查未能完成。而警方虽然找到了宋英，但《补充侦查报告书》写明“未对宋英的笔迹、指纹进行鉴定。”
证人陈权对原卷宗的笔录不认可，原卷宗的证言显示刘健和张世勋坐警车来，刘健和张世勋按住张碧松打，张远波拿手枪将张碧松打死。陈权说根本不存在这一情节，且证明原始纠纷是陈啟军无理取闹、报复警察而起，张远波没有明示或者暗示别人去拿武器。
证人宋英说：当年公安局的两个同志找我取证，我边讲他们边记，他们记好材料后说拿给我看，我只看了第一页没签名就捺印了;我丈夫邓琨(已去世，关键证人)被公安局的同志喊去取完材料回家后就跟我讲，公安机关的同志威胁他如果不说对张远波不利的话，就要把他揪去戒毒。
证人刘承毅陈述：事发后遭公安民警威胁、逼供;办案民警问我话的时候，并不是听我如实的叙述，他先说了一通，然后要我承认他说的就是事实，我不承认，他就威胁我。刘承毅说：民警还去填了一张逮捕证，拿了一副手铐摆在我面前，我清楚地看到逮捕证上写的是我的名字;民警还威胁我说“你不承认，老子就让你进去慢慢地说”，意思是要逮捕我，以此来恐吓我。
此外，原卷宗笔录显示邓琨说张远波喊刘健去拿枪，胡永政在场。然而，胡永政却明确告诉警方：我根本就没有听见张远波喊刘健拿过枪，也没有看见张远波暗示刘健去拿枪。
3名辩护人指出，该案原卷宗的很多证人证言均系伪证，一个明显的事实是：原卷宗多名证人称亲眼目击了张世勋和张远波、刘健一起枪杀张碧松，然而，公诉机关在审查后最终未对张世勋提起诉讼。
就此，公诉人回应，他们向法庭提供的证据做到了去粗取精、去伪存真。
一个经控辩双方确认的事实：刘健所用的小口径步枪不是其警用配枪，而是从镇雄县公安局治安科借来的。刘健称“当时是借来打鸟玩”;子弹是和镇雄县另一民警刘德才打鸟时剩在枪膛里的，是刘德才带来的。
物证在检察院全部失踪
在法庭上，辩护人要求公诉方当庭提供血衣、弹头、弹壳等物证。公诉人说，物证在镇雄县检察院保管期间全部失踪，无法当庭提交。卷宗材料显示，镇雄县检察院吴昌卫说明：2004年该案物证保管人员因病死亡，物证下落不明。
如今，公诉方甚至不能证明张碧松尸体内的弹头与现场所提取的弹壳是同一子弹身。就此，刘健的辩护人吴云坤说，最重要的物证遗失，无法证实张碧松的死亡与刘健开枪有直接因果关系。他还称，公诉方必须依法出示物证，否则按疑罪从无的原则，指控的证据不足以证明有罪，就应当依法宣告无罪。
公诉人当庭提供的《镇雄县张碧松死亡尸体法医检验鉴定书》显示，张碧松中了三枪，两枚弹头留在体内。
吴云坤指出，根据公安部1980年5月1日颁布实施的《刑事技术鉴定规则》有关条款规定，刑事技术鉴定必须由具有鉴定员以上资质的专业技术人员担任;尸体检验出具检验报告，不出鉴定书;但公诉机关提供的书证材料是张碧松的尸检鉴定书而不是检验报告，加之鉴定人员不具备相关资质，所以此书证不能作为证据使用。
在法庭辩论阶段，公诉人当庭承认该案的证据存在瑕疵，但称不影响该案的指控。
局长“下台”后遭迫害？
多名证人说，此案的原始纠纷系陈啟军挑衅张远波。据多名证人和张远波说，陈对张进行辱骂，大意是“以前你爹当公安局长我怕你，现在他下台了，老子今天就要收拾你”。而张远波供述，张碧松在持刀追砍自己时曾说“你老爹把我舅舅整去坐了10多年的牢，老子今天就要把你干掉”。
案发后为何选择外逃?张远波和刘健说，因为案发的那段时间，父亲张世勋与当时镇雄县一些领导不和，“他们一直在找机会整我们一家人。在这种背景下，如果不跑，得不到公正的处理。”
张世勋在镇雄县做了13年的公安局局长，于1996年被免去了局长职务(案发时仍是副县长)。对于儿子和女婿的遭遇，张世勋有些责怪自己，称自己干公安局长反而害了子女们，遭遇了打击报复。
他向法院提交了书面材料，证明该案中的“挑衅者”陈啟军、张碧松以及一些“有罪陈述”证人都曾是他干公安工作时抓过的犯人或犯人亲属。此外，他还写信称当年自己和镇雄县主要领导不和，遭遇了政治迫害，该案的办案民警基本都是他的政治对头。
在庭审中，公诉人认为这是张世勋一方的孤证，不能作为证据采用。
不过，一个蹊跷的事实是，该案原卷宗多名证人称亲眼目击张世勋和张远波、刘健一起枪杀张碧松，但新卷宗(2011年以后的笔录)，证人们没有陈述张世勋参与枪杀。
张世勋家人还讲述了一段往事：镇雄县公安局在案发后通知乡镇派出所说张远波、刘健二人携带二十公斤海洛因，武装贩毒，全县武装缉拿刘健、张远波，在哪里遇上就在哪就地处决，企图杀人灭口。然而，张家人不能提供直接的书面证据。
张碧松的父亲张荆树说，1997年起码有上千人围观了枪案。而实际上，“12·25枪击案”在镇雄影响较大，关于“警察杀人”和“警察开枪杀人”的传闻，很多镇雄人至今都记得。
张荆树告诉早报记者，1997年12月27日，法医对张碧松的尸体进行检验之后，儿子的朋友就将尸体抬到张世勋家，并设灵堂停放了8天。
张世勋的女儿说，参与丧事的人还将家中的门窗砸毁，他们前往公安局报案，但警方拒绝出警制止。不过，张碧松的父亲否认打砸张世勋家中物品，并称“在公安保证会给个说法”时才将尸体下葬的。
一名1997年在现场采访的媒体记者回忆，出殡那天，张碧松一方的人抬着张碧松的尸体在镇雄县城大街上游行，整个镇雄县城到处贴满关于副县长、公安局长及其儿子、女婿杀人的大小字报。
张远波的辩护律师黄佑虎和陆开福说，张远波并不是认为自己犯了罪才逃跑的，而是受当时的政治环境所迫，不得不逃亡，“当年张碧松死亡后，社会上的人把尸体抬到张世勋家，这样的违法犯罪行为居然没人制止;刘健的父母遭到殴打，也没有人出面解决;张世勋家遭到打砸、爆炸，也没有人制止。试想，张远波、刘健不逃走，他们能保住性命吗?”
