在保障纯净水供应的同时，江苏省、无锡市以及水利部太湖流域管理局等有关方面组织大批专家积极研究消除蓝藻的对策。加大了“引江济太”（引长江水补充太湖水）调水力度，增加了“引江济太”调水容量。
饮水危机发生后，无锡市民保持了相当的克制。无锡市自来水总公司建立了２４小时水质监测哨，不间断地进行水质监测。无锡市政府号召广大市民：面对生态灾害，要同舟共济，克服困难，共渡难关！
“蓝藻危机是一个严重教训，太湖污染治理必须是‘先对症、后下药’。”对于太湖蓝藻的暴发的原因，中科院南京地理与湖泊研究所研究员秦伯强说，近年来，在太湖总氮和总磷的来源中，工业污染比例下降，而农业面源污染和城市生活污染比例增加，太湖水富营养化问题依然十分严重，但太湖污染治理尚没有形成统一的机制……
太湖蓝藻的大暴发惊醒了生活在太湖周边的人们，各级政府和当地群众决心以理性的态度对待蓝藻，用科学的态度治理太湖，采取一切必要和可能的措施，将蓝藻的发生率降至最低
2007年10月21日，游客们在太湖鼋头渚景区游览。新华社记者 杨磊 摄
2007年10月21日，游客在太湖内的蠡湖观赏落日景观。新华社记者 杨磊 摄
太湖蓝藻的大暴发惊醒了生活在太湖周边的人们，各级政府和人们痛定思痛，重新审视人与自然的关系，用实际行动做出了“科学治理、和谐发展”的理性选择。
根据太湖蓝藻的发生特点，江苏省专门成立了防控太湖蓝藻专家组，编制并启动了《防控太湖蓝藻暴发应急实施方案》，分别对监测预警、调水引流、应急水源地建设、打捞蓝藻等方面进行了详细部署，各项应急工作全面进入实战状态。
在监测预警方面，环保部门强化太湖蓝藻监测预警机制，对太湖湖体、饮用水源地、调水通道及主要出入湖河流实行加密监测，坚持日测日报, 为及时采取应对措施提供据监测依据。
在调水引流方面，水利部门积极实施“引江济太”，最大限度增加太湖生态水量，促进太湖水体流动，努力改善水质。
在应急水源地建设方面，供水部门优先保障饮用水安全。加快建设无锡、苏州第二水源和应急水源工程，无锡市长江引水一期工程已经于３月底正式并网供水，二期扩建工程预期２００８年底前投入使用，届时日供水量可达８０万吨，太湖和长江双供水机制已经形成，无锡市用水安全保障能力大大提高。
在打捞蓝藻方面，目前无锡市蓝藻打捞队正在全力打捞，建立一千人的专业队伍，投入专业打捞船４４艘，在去年打捞１９万吨蓝藻之后，今年打捞蓝藻５万多吨。
在控源截污方面，江苏全面实施了“更为严格”的主要污染物排放地方标准，从２００８年１月１日起，在太湖流域印染、化工、电镀、造纸等６大行业和城镇污水处理厂开展了“提标升级”攻坚战，加大了重点工业点源治理力度；加快淘汰落后产能，在太湖流域整体提前一年完成化工生产企业关闭目标（已关闭１８９４家）的基础上，２００８年将再关闭６００家小化工生产企业。
位于常州武进区和无锡宜兴市交界处的漕桥河，是太湖流域一条污染严重的河流，过去由于责任不清，虽经环保部门多次督查，但污染问题仍然没有解决。记者在这里看到，蓝藻事件发生后，省市直接督办沿河地区分清责任、大力治污，目前河流水质得到较大改善。
受蓝藻影响最大的无锡市，污染环境者已面临着“过街老鼠、人人喊打”的压力。无锡市全面建立了“河长制”，６４位党正一把手担任“河长”，“河长”主要职责是督办河流水质的改善工作，一条条河流变清了。
无锡还全部取缔了排污不达标的旅游船舶和水上餐饮船舶，并关闭７７２家小化工厂。同时加强沿湖农业面源污染防治，２００８年将完成１５０处大中型畜禽养殖场的整治任务；开展渔业养殖综合整治，目前，西太湖２．６万亩围网已全部拆除。
太湖蓝藻给我们敲响了了警钟，在生态危机面前，理性的人类找到了建设生态文明，促进和谐发展的道路，变废为宝、变坏事为好事，一个人水和谐的新太湖正在重新展现在人类面前
2007年10月21日，游客在灵山大佛广场观赏“九龙灌浴”景观。新华社记者 杨磊 摄
2007年10月21日，游客在太湖内的蠡湖观赏落日景观。新华社记者 杨磊 摄
太湖蓝藻给我们敲响了了警钟，沿湖各地努力把坏事变好事，用环境压力倒逼发展方式转变，用太湖蓝藻事件唤醒全民环保意识，变废为宝、变坏事为好事，树立建设生态文明的观念，促进社会经济的和谐发展。
江苏省２００３年制定的“全面小康指标体系”中包括了绿化水平和环境质量综合指数。太湖蓝藻的暴发让当地人认识到，全面小康离不开环境质量的达标。无锡市委书记杨卫泽说，全面小康建设要补环境保护、生态修复这一课，在这个问题上没有任何退路。
太湖蓝藻事件后修订的《江苏太湖地区城镇污水处理厂及重点工业行业主要污染物排放限值》于２００８年１月１日正式实施。太湖地区１／３的企业将“关、停、并、转”，城镇污水处理厂处理的污水将在原来基础上削减５０％的ＣＯＤ、６０％的氮和５０％的磷；纺织印染等六大行业也可削减３４％的ＣＯＤ、６６．７％的氨氮和５０％的总磷。太湖地区企业告别排污资格无偿获得的历史，开展排污权有偿使用。
