但是，调查发现，与第一次畜禽遗传资源调查相比，濒危、濒临灭绝的地方品种数量显著增加，有15个地方品种本次调查中没有发现，初步判断已灭绝。
“今后可能不会再进行大规模的畜禽资源调查了。”杨红杰介绍，国家畜禽遗传资源委员会正考虑推动建立动态的畜禽遗传资源数据库，即时更新。
保种要着眼市场
在畜禽遗传资源保护与开发利用的问题上，第二次全国畜禽遗传资源调查发现山麻鸭、绍鸭、豁眼鹅等品种经过保护和选育，生产性能显著提高，产蛋量世界领先;经过选育的辽宁绒山羊产绒量提高近1倍。同时，运用现代育种技术，以地方品种为基本素材，培育了京海黄鸡、夏南牛、巴美肉羊等畜禽新品种、配套系。成功利用矮小基因育种，实现父母代种鸡节粮15%〜20%，长毛兔新品种的产毛性能居国际领先水平，并实现了自我供种。
十一五期间，我国各地共建设79个猪保种场、3个基因库，在全国范围内划定了37个地方猪种保护区。这其中，包括宁乡猪、荣昌猪和藏猪等3个国家级保护区，以及太湖猪、民猪、黄淮海黑猪等猪遗传资源保种场35个。
“保种，谁来保?基本上都是国家级畜禽遗传资源保护基因库来保。”杨红杰介绍，因为经济效益低下，无论是养殖户还是企业均不会有动力饲养地方猪种，必须由国家出钱建立保种场。
杨红杰介绍，畜禽类的保种，和大熊猫、金丝猴等珍稀野生动物保护有着明显不同。保护野生动物是保护生物的多样性，保证物种的存在;而畜禽保种是根据开发、利用需要进行保护。“利用是最关键、最核心的点。”杨红杰说，如果某一地方品种现在和今后都不会被利用，那保护也就没有意义和价值。
所谓国家保种其实就是为养殖企业提供保种补贴。据杨红杰介绍，以地方猪保种为例，每个保种场一年拿到的保种补贴约在三十万元左右。这对主要承担保种场任务的养殖企业来说，吸引力并不大，但保种场如果得到全国畜牧总站的认定，这对企业的市场推广就有了价值。
保种，需要保多少?以猪为例，至少要保六个家族十二头公猪、两百头母猪，这是最少的保种数目。照此规模，如果光以国家保种补贴来支撑，显然远远不够。比地方猪保种更为艰难的是牛、羊的保种。杨红杰介绍，牛、羊保种场大多建在偏僻的山沟之中，经济效益尚且远不如猪，一年几十万元的保种补贴无异于杯水车薪。
一直以来，国家努力推动畜禽品种的标准化建设。杨红杰介绍，农业部、全国畜牧总站和国家标准化管理委员会正努力协作积极推出地方猪标准。比如什么是宁乡猪?必须从体型外貌、繁殖率、生长周期等多个方面，均有明确的技术指标予以界定。地方猪标准的确立，在规范化保种的同时，也被赋予可能有助于市场开发的期待。
近年来，基因安全等话题愈发吸引国际舆论关注。根据《畜牧法》，畜禽遗传资源的进出口需要经过严格认证和审定。
杨红杰举例说，比如太湖猪是世界上非常知名的品种，如果出口就需经过全国畜牧总站的专业技术论证;再比如，澳大利亚不会出口最好的细毛羊，我国每年进口美国种猪约一万多头，一定也不是美国最好的品种。
