99式主战坦克车体设计参考俄制T-72主战坦克，并在此基础上进行了大幅度的改良，除改良装甲提升车体防护性能外，动力采用了国产WR703/150HB系列柴油机，这种发动机是在德国MTU公司MB870系列V型液冷柴油发动机的基础上发展而来，最大输出功率1200马力。
99式主战坦克的炮塔抛弃了原来的俄式鹅卵型铸造炮塔，而采用了西方式的焊接炮塔以增强防护性，其中炮塔的基础装甲为约束陶瓷复合装甲，在后续的改进中在炮塔的正面和炮塔尾仓两侧的护栏上布置新型双反应装甲，进一步强化了防护能力。炮塔后部还有一部激光压制系统，可干扰敌方激光测距仪工作。
在车臣战争中，俄制T80坦克中弹后非常易引燃车内弹药殉爆，其中最重要的原因就是俄制坦克不重视二次防护能力，其自动灭火系统能力欠佳。99式主战坦克在这点上充分吸收了85式外贸坦克的开发经验，其自动灭火设备能把对火源的反应时间缩短在0.1秒以内。
