苍龙级潜艇是世界上最安静的常规潜艇之一，水下航行噪音只有105分贝，潜艇外壳铺设了先进消音瓦，艇内通过浮筏减震，机械噪音极小。能使敌方主动声呐探测距离降低50%。一般常规潜艇的水下航行时间较短，例如俄制基洛级潜艇只能使用电机在水下航行3天，就必须浮出水面，或利用通气管启动柴油机充电，而苍龙级潜艇却可以在水下连续航行至少15天，如果以低于4节速度慢速水下航行，则可以持续航行20天。
苍龙级为了提高水下性能，采用了AIP系统，即斯特林发动机，这样可以在水下为蓄电池进行充电，可以保证潜艇可以长时间在水下潜航。日本斯特林发动机的技术来源于瑞典，斯特林发动机属于热气机，是一种用外部热源加热使活塞往复运动的外燃机，能够利用液氧作为助燃剂来推动活塞，这样既不需要补充大量空气，而且还能减少系统的空气噪音。
由于都是从瑞典引进的斯特林发动机技术，所以苍龙级的AIP动力系统应该与中国的039型潜艇大同小异。这种动力的功率较小，难以让潜艇以较高的航速航行，典型的作战状态是以4节的静音航速续航1600海里。日本宣称苍龙级潜艇全程跟踪中国舰队演习，很显然是在瞪眼说瞎话。
现代水面舰艇的最高航速一般在30节左右，经济巡航速度在18节左右，这个速度与常规潜艇的最大水面速度持平，但常规潜艇以最大水面速度航行的时间很短，否则主机寿命会受损。即使中国海军编队编队出于熟悉航道，演习备战或侦察穿越日本岛链水文情报的需要，航速下降到12~14节，那么这个速度甩掉苍龙级的跟踪也不是什么难事。
