由漳州人颜思齐出面组织的28人拜盟兄弟团，包括泉州南安人郑芝龙、漳州海澄人陈衷纪、福建莆田人洪升、泉州惠安人张弘、泉州同安人林福等欲起事，不幸事泄，遭到搜捕，仓皇逃往台湾岛。
颜思齐原是一介成衣匠，1612年遭官家欺凌，逃往日本。郑芝龙，先祖世居河南固始县，唐时入闽，从小习海事，被舅舅黄程领上商道，并结识李旦，这成为其人生拐点。
在日本待不下去之时，郑芝龙奉李旦之命，搭乘荷兰船“好望号”由平户起程赴澎湖，担任荷兰人的通事（翻译）。1624年8月李旦也从日本平户抵达澎湖。
在荷兰人占领澎湖期间，中荷双方打打谈谈，一直没有结果。1623年8月，主战派官员南居益出任福建巡抚，他在1624年2月下旬开始筹划进攻澎湖。因为双方势力差距较大，荷兰方面提出交涉。
南居益听从总兵俞咨皋的建议，通过许心素找到李旦出面调解。台湾地区历史学家曹永和记载：“在李旦的斡旋下，俞咨皋‘保证’，若荷兰人移往台湾岛，则将获准与中国贸易，在此条件下，荷兰人不得不在 1642年 8月下旬撤出澎湖。 ”
撤出澎湖的荷兰人迁往台湾岛，这里成为荷兰人新的行政中心和其在东亚海域唯一控制的贸易港。之后，郑芝龙抵达台湾岛和颜思齐会合，领船加入荷兰人的船队，但俞咨皋并没有兑现他的承诺。
李旦以荷兰谈判代表身份前往中国交涉，争取福建当局发给荷兰人正式贸易许可证，但未果。荷兰人大失所望，指责李旦是个有害的人物，但许心素在此间获得了都督的执照和贸易代理权。
月港体制不允许外国人前往漳州贸易，荷兰人只能以台湾岛为基地，以福建商人为中介，采用预付资金、按样加工、期货贸易等方式开展贸易。
1625年 7月，李旦染病在身，他匆忙从台湾地区返回日本治疗，但病情并未好转，8月 12日在平户去世。没多久 37岁的颜思齐也在台湾地区去世，临终前，他召众人告知：“不佞与公等共事二载，本期创建功业，扬中国声名。今壮志未遂，中道夭折，公等其继起。”
最后的红顶海商郑芝龙
从1604年短暂占据澎湖开始，到1622年再次占据澎湖，再到1624年占据台湾地区，荷兰人一直游离在明政府的贸易体制之外。
当葡萄牙人学会以乖巧的方式取得合法贸易地位与明政府周旋时，荷兰人强硬有余，耐性不足，取代了葡西商人成为与中国东南沿海走私或海盗商人互为表里的外来商人。
崇祯皇帝上台后，福建巡抚熊文灿为对付荷兰人和其他海盗商人，招抚海盗。为长远考虑，郑芝龙奉诏归附明政府，从此拥有了在大陆的牢固基地，免去了遭受官兵的威胁与攻击，并集中力量对付荷兰舰队，将中国南海上的海盗集团一一消灭。
1640年，明政府擢升郑芝龙为福建总兵官，署都督同知。从此，郑芝龙集团确立了海上霸主地位，发展成为拥有3000多艘海洋贸易船只的庞大的海上贸易集团。几乎整个远东水域澳门、马尼拉、厦门、日本各港口之间所有的中国商船都悬挂着郑氏令旗，郑芝龙成为明朝最巅峰的亦商亦盗的海商代表。
17世纪中叶的远东水域完全变成了由中国海商一家说了算的天下，尽管荷兰人被称为“全世界的海上马车夫”，但在郑芝龙海上集团面前，荷兰人不得不每年向郑芝龙商的船队缴纳12万法郎的进贡，才可以保证荷兰东印度公司在远东水域的安全。
作为逆势而起的海商，徽州人王直的雄起不过10年左右，郑芝龙家族则达30多年。王直被招安之后却成为刀下鬼，郑芝龙只此一次招安经历，但郑芝龙这个叱咤风云的人物，在明清交替之际，最终因为儿子郑成功不愿接受招安及其他一些辱没感情的事情而身首两端。不过，他的出现，让荷兰人放弃了垄断中国海上贸易的野心，直至1661年被赶出台湾岛。
从某种程度上来说，中国海上走私商人集团的存在，不经意地成为英国、法国、美国等国家最终用鸦片肢解中国朝贡体系之前，最后一道不可逾越的屏障。也正是因为他们的存在，使得葡萄牙、西班牙、荷兰等国的殖民商人，在左奔右突几十年试图主导对中国的贸易中，终无所获。
当清朝再度开放国门时，荷兰、英国等欧洲商人势力已经渗透、填补和控制了后郑氏家族时代的中国海上商人贸易航线。从此，明朝海上商人不再是海上强者，郑氏家族成为我们观察几百年前的中国海商最后、最辉煌的剪影。东南沿海民间海上贸易的兴盛，最终昙花一现。这种在政策不连贯和殖民者夹击环境中成长的机会，对于中国海商来说，如果算是春天的话，也只是一个支离破碎的春天。明末的海外贸易，就是中国海商从南洋、东南亚、印度洋全面萎缩的历史。
从这个角度讲，与西欧人小规模航海事业在全世界具有不同凡响的意义不同，明朝航海事业尽管捷足先登却最终无足轻重的原因还在于，私人海上贸易受到的阻截及王权与之的势不两立。
