2011年9月27日，中俄两国政府对外发布了反对欧盟将国际航空业纳入EU ET S的共同声明；随后，在印度新德里，中国与美、俄、印度、巴西、南非、日本等26国共同签署了有关反对E U E T S的联合宣言。11月2日，26个非欧盟国家就欧盟的这一计划正式向国际民航组织提出抗议。
针对欧盟强征航空碳排放费的决定，从一开始就有争论，争论的焦点主要是围绕其合法性，这场争论目前还远未停止。2009年12月，代表美国 航 空 业 的 美 国 航 空 运 输 协 会(A T A )和三家美国的航空公司在伦敦的法院起诉欧盟的这一决定。英国法院认为这个问题涉及到整个欧盟共同体的利益，在2010年5月上诉到欧洲法院(ECJ)。
美国航空运输协会认为欧盟排放交易系统(E U E T S)不应适用于欧盟以外的航空公司。美国航空运输协会的主要观点是，EU ET S对非欧盟航空公司的碳排放收费违反了1944年《芝加哥公约》、1997年《京都议定书》和2007年《美国欧盟开放领空协议》。
关于《芝加哥公约》，美国的诉求的理由涉及第1条主权原则、第11条领空限制和非歧视原则以及第15条关于收费和第24条关于禁止对燃油征收海关关税的规定。美国认为非欧盟航空企业没有义务为它在第三国领空、公海和领空的飞行承担碳排放配额。但是，美国的立场可能不能成立，英国法院辩方的立场占据上方。
首先，英国辩方指出，欧盟作为整体不是芝加哥公约的签署方，所以不受芝加哥公约的制约。如果欧洲法院支持这个观点，那么就可以不考虑控方关于芝加哥公约的观点。
其次，即使适用芝加哥公约，要求航空公司为第三国上空的飞行承担碳排放责任并没有侵犯第三国的领空主权，因为EU ET S并不影响第三国自由地执行减排措施和决定飞行器进出领空。
第三，要求飞入和飞出欧盟的所有航空器承担碳排放责任也不存在歧视的问题，并不没有违反《芝加哥公约》第11条的领空限制和非歧视原则。
第四，关于《芝加哥公约》第15条的收费的规定。英国辩方认为欧盟碳排放交易系统不构成任何收费，而是一种行政性机制，要求航空公司监督和报告他们的排放情况，并给予他们选择权，要么在所给予的配额范围内运营，要么超出所给予的配额运行，但是需要购买配额。即使是购买额外的配额，这也不构成《芝加哥公约》第15条意义上的费用。再退一步，即使购买配额被认为是“费用”，也不是因为第15条规定的“只是因为经过或者进出领空”而支付的费用。
第五，关于《芝加哥公约》第24条禁止对燃油征收海关关税的规定。因为航空器上的燃油始终在飞行器上，不存在进入海关的问题，E U E T S产生的费用并不是海关征税。
尽管如此，《美国欧盟开放领空协议》还是给美国航空企业一线机会。该双边协定的第11条(2)(c)款关于对燃油收税的规定，明确禁止对燃油消费征收税费。美国航空运输协会指出为排放购买配额构成了“基于燃油消费的收费”。欧洲法院曾经在1999年的一个C-346/97案例中支持瑞典根据燃料的消费对碳排放征税，说明对燃油消费的排放收费的确构成了《美国欧盟开放领空协议》所禁止的税费。
此外，美国认为欧盟单边征收航空业的碳排放费违反了1997年的《京都议定书》，因为京都议定书规定，各方应当“通过国际民用航空组织”寻求减少航空业碳排放。但是英国辩方指出，京都议定书要求通过国际民用航空组织，但是并没有要求只通过国际民用航空组织。当然，美国引用京都议定书本身就有一些滑稽，因为众所周知美国至今还没有签署京都议定书。所以这个问题可以忽略。
从目前欧美争辩的结果来看，一个可能的结果是美国关于《芝加哥公约》的诉求失败，但是关于《美国欧盟开放领空协议》美的争辩成立，即最 终 结 果 是 ： 国 际 航 空 业 纳 入E U E T S这个政策从整体上站住了，但是根据《美欧双边开放领空协议》的规定，美国航空企业可以排除在这个政策之外而不用支付碳排放费。也就是说，一方面，美国这个最大的航空团队不需要向E U E T S支付排放费，而其它国家的航空企业将被纳入E U E T S。这也许是中国航空最不希望看到的局面。
2011年10月6日，欧洲法院检察长在其出具的法律意见书中指出，欧盟将国际航空业纳入欧盟碳排放交易体系是符合国际法的精神的，也没有违反国际航空协定。这增加了欧盟成功的希望。尽管这一声明并不具有法律效力，而且欧洲法院的法官将在晚些时候作出裁决，但是裁决通常是与意见书相符的。
2011年10月10日，欧盟委员会气候行动委员指出，欧洲法院的裁决为航空业纳入EU ET S扫清了法律障碍，该项措施将如期于2012年1月1日正式实施。
2012年年初，欧洲法院将就美国航空运输协会诉欧盟一案作出判决。如果判决有利于欧盟的话，航空业将于2012年1月1日被纳入欧盟碳排放交易体系。
欧盟强征航空碳排放费的驱动因素
●一旦航空业碳排放费开始征收，欧盟仅2012年就可收获12亿美元资金。对于目前“很差钱”的欧盟来说，这是笔不小的收入
11月30日，欧盟气候变化谈判代表梅茨格在德班气候变化大会上重申，将国际航空业纳入欧盟碳排放交易体系的决定“不可更改”。深受债务危机困扰的欧盟，决定冒天下之大不韪，在征收航空碳税问题上“一条道走到黑”。这意味着，自2012年1月1日起，所有降落在欧盟机场的航班，均要留下“绿色买路钱”。
