但这样的激进扩张很快被指“暗藏玄机”，屠宰场似乎是在“钻政策的空子”，只是雨润获取政府补贴的一个“重要道具”。
2007~2009年，雨润每年新增产能达380万头、400万头、750万头，而就在这几年内，雨润年均获得政府补贴近2亿元，同期的竞争对手双汇年均只有1000万元。而到了2010年，雨润更获得政府补贴近6亿多元。
补贴甚至成为雨润一个非常重要的利润来源。
2007年，雨润的政府补贴占税前净利润的比例一直维持在8%以上，到了2009年达到了22.5%，2010年更提升至26%。
补贴并不仅仅是雨润单一的“额外收入”，这其中，一个原本有些陌生的“负商誉”一词开始为更多的公众所熟知。雨润食品在财报中解释，商誉(负商誉)于收购附属公司及联营公司时产生，是收购成本“超出”被收购资产公允价值的部分。通俗地说，就是低价买进高于收购价格的差额部分，而部分将被“即时确认”为净利润。
雨润对“负商誉”玩得颇为熟稔。早年，雨润以合计代价1720万元收购了哈尔滨肉联厂、开封肉联厂、广元川北肉食品加工厂等三家地方国企，三者以市场公允价值评估作价4049万元，但雨润支付的收购成本仅为1720万元，其间2329万元的差额，被确认为雨润因收购产生的“负商誉”，占到了当年利润的13%。
在之后的并购中雨润更是过之而无不及。腾尔牧业原本为河南省扶沟县一家中外合资企业，因经营不善，2009年，河南扶沟县政府以1619万元收购腾尔牧业资产。而后雨润食品以1万元低价购得，只一经转手，该公司即被评估为1亿元，转身即为雨润贡献“利润”1亿元;2010年5月14日，雨润食品又以1万元人民币并购河南省南乐县内的福鑫肉业全部股权，这笔交易同样使雨润大赚，一举为其贡献8000万元“负商誉”。
无论是补贴、还是负商誉，这都是一种令人非议的“盈利模式”。
脆弱的“产业链”
在轰轰烈烈的扩张下，雨润开始成为媒体的焦点，紧接而至的是负面新闻不断。
2011年11月，有媒体曝出，雨润在辽宁省所建的生猪屠宰项目产能过剩，开工率严重不足。雨润在辽宁已经建成4个生猪屠宰项目，产能达到600万头，其签订协议的在建、待建的项目产能高达1250万头。这个产能接近该省目前屠宰量的两倍，据规划，雨润要在辽宁省建立10座屠宰加工场。
但这些项目事后被证明大多空心化。
以黑山县建成的屠宰场为例，该项目总投资3亿元，具备年屠宰生猪200万头能力，并于2011年下半年建成。当地县政府为了争取此项目，给予了近亿元的配套及资金支持。
但这座在当地颇有面子的“招商工程”建好后，一直没有拿到定点屠宰许可证，在举行完开业庆典后，就一直没有开工。而据辽宁省服务业委员会统计显示，雨润在辽宁已经投产的3座大型生猪屠宰厂，开工率一直只有三分之一左右，“很难保证盈利”。
以雨润在湖北省巴东县投资的屠宰场为例。这个设计规模为年屠宰生猪120万头的项目，预计实现年销售4亿元、利税3000万元。实际上，至2010年，巴东恒兴屠宰加工生猪107228头，实现销售收入12593万元，上缴税收仅81万元。
据一份资料调查显示，至2011年，雨润在全国拥有31个屠宰场，产能实际利用率仅为60%左右。
全产业链是众多食品企业梦寐以求的东西，不仅有利于对产业各利润链条的控制，更重要的是，通过纵深一体化的拓展，大大降低企业的风险。
但在不同的场合，祝义才表态，“雨润不会参与上游业务”。但私下里，雨润却进行着养殖业务的尝试。两厢矛盾，颇具玄机。
2007年7月，雨润集团与安徽省太和县政府签署协议，投资1.5亿元在当地建设年出栏种猪5万头的项目，然而基地至今未曾出栏一头种猪，建好至今已是杂草丛生;在安徽省萧县的养殖投资也是一场“乌龙”，2010年厂房就已建设好，之后，却未见饲养过一头生猪。
“雨润之所以不大愿意涉足上游养殖业的原因，在于建养殖场的补贴较少，且需以生猪实际存栏数挂钩，相比于将屠宰场建起来便可获得补贴而言，雨润自然对养殖领域不感兴趣。说到底，雨润的全产业链只是一个口号。”一位业内人士如是评述。
以加盟连锁的方式低成本、快速建立销售网络，是雨润打造下游渠道的一个重要指导思想。为了快速地将渠道铺开并保证加盟商的利益，雨润规定，一个县内只准开一家雨润冷鲜肉店。另一方面，加盟“雨润冷鲜肉专卖店”的门槛不高，大约5万元就可以。
但这种“专卖模式”很快被指名不副实，因为这种松散的专卖，雨润除了提供产品、让经销商赚取猪肉差价之外，没有太多的竞争力和凝聚力。同样，农贸市场大多受区域限制，消费者通常采取就近原则，不可能走很远专门来买雨润的冷鲜肉。一位江苏省内的县级加盟商在网上如是倾诉自己的遭遇，“雨润似乎也没有遵守自己的规定，他们把货同样也供给同城的其他散户。”
尽管雨润看起来在产业链的各个环节都有所“展示”，但事实上，这条产业链看起来并不那么完美，也略显脆弱。
困在质量陷阱
在一个看似有些扭曲的公司发展模式之下，尽管雨润声称公司的主业依旧在食品上，但精力分散的事实和过于迅猛的发展速度，让雨润一时无暇自顾。在此之下，其质量问题也层出不穷。
2009年3月16日，在例行的质量抽检中，安徽省质监局通报，阜阳雨润肉类加工有限公司生产的午餐肉经抽查发现含有克伦特罗(瘦肉精)，此为“瘦肉精事件”。
一波未平。2011年5月，雨润又曝出了“过期猪肉门”事件。5月19日中午，合肥一家五星级酒店采购的雨润牌火腿肠中，发现了包装塑料膜和金属卡扣，让雨润陷入“过期火腿二次加工销售”质疑的舆论漩涡中。
再之后，接踵而至的便是雨润的“物流门”。2011年7月23日，网友“一剑穿心”从安徽阜阳市颍州区河滨巷中段路过时，正碰上一辆写着“雨润食品”的货车在卸保鲜肉，他用手机拍下了卸货过程：车厢里装着没有任何包装的猪头，两名年轻人穿着鞋子踩在猪头堆里，往车尾一辆破旧三轮车上卸货，地上的垫子凌乱地放着猪头。他随后将此照片发到了网上。
