随着家族企业的成长，其内部会形成各类利益集团，由于夹杂创业时期复杂的感情关系，为企业内部管理留下了隐患。这是所有家族企业所面临的问题，决策专制，管理粗放，最终导致利益输送或内幕交易。
此外，保守、任人唯亲已经成为家族企业最大的弊端，“富二代”变成“负二代”。提升科学的管理水平，已经成为中国家族企业的当务之急。
在欧美等发达国家，家族企业早已实现转型，传统家族企业创始人及其家族成员往往只持股、不再直接插手企业管理，公司治理通过聘用职业经理人来管理企业。
但是，由于缺乏健全的法律架构，很难为股东之间的约定、股东和经理人之间的委托代理约定、公司和客户间的约定的契约关系保驾护航，创始人对经理人很难放心，“子承父业”仍然根深蒂固。近年国美创始人黄光裕与管理人陈晓之间的战争，更是为家族企业的未来蒙上了阴影。
