购买方在这时提出过户要求，遭到老股东国航的反对。在竞拍后的第一次股东大会上，国航代表甚至以退场表示抗议。但过户如期完成。在庭审时，当李泽源被问到“当初股权如何完成过户”时，他回答说一名高级干部批示同意了。法庭未再究问。
2009年11月，李泽源被监视居住后，时任总经理李昆一度被委以维持深航稳定的重任。但几个月之后，李昆也被带走调查。
李昆被带走调查16天后，2010年3月21日，国航发布公告称，国航及深国际全程物流(深圳)有限公司(下称全程物流)联合增资深航，其中国航出资6.8亿元。增资完成后，国航在深航的持股比例将由25%增至51%，深航变成国航的控股子公司。比之2005年65%股权拍出27.2亿元，这一价格也相对合算。竞拍失败五年之后，国航终于掌控深航。
此前，在深航内部，大股东汇润公司和小股东国航之间的关系一直剑拔弩张。2006年末，汇润公司单方面增资深航，国航及全程物流的股份被稀释。随后，国航被迫增资，维持了25%的股份水平。但是控制权仍牢牢掌握在汇润公司手中，国航对此多有不满。
在国航公告前一天，深圳市中级法院受理了广东粤财投资控股有限公司申请汇润公司破产清算一案，并指定汇润公司清算组为破产管理人。当年6月30日，在深圳市中级法院第五审判庭召开了汇润公司破产案的第一次债权人会议。
2012年1月4日，深圳国际控股公司(00152.HK)对外公告称旗下全资子公司全程物流完成深航24%股权收购交易，集团及全程物流持有深圳航空权益增加至49%。这意味着，虽然这桩破产案至今未了，但汇润公司已退出深航。
李赵矛盾
2013年4月9日，深航案第一次开庭。在公诉方宣读李泽源的身份后，李泽源表示反对：“我不是汇润公司的股东，也不是实际控制人。指控我是实际控制人很离谱，我从来没有控制过深航。”
围绕谁是深航的实际控制人，李泽源和赵祥在法庭上互相指责。
赵祥曾在政府任职。公开报道显示，上世纪80年代初，赵祥曾任锦西炼油厂厂长，之后出任锦州市市长，1989年出任辽宁葫芦岛市市长。1997年退休后，他先到深圳市政府某部门工作，三年后成立公司。
为了证明自己并不是实际控制人，李泽源称，在汇润公司增资后，由赵祥控制的深圳市辉瑞投资有限公司成为汇润公司的大股东。李泽源于是找私家侦探想查出赵祥之子涉嫌犯罪的问题，并以此要挟赵祥交出控制权。
赵祥则称，他当初担任汇润公司及深航董事长不过是代持行为，实际控制人是李泽源。赵祥称即使他担任董事长时，李泽源仍然是一把手，“李泽源的身份是高级顾问，而实际上，公司的大会和一些中层的会，李泽源都参加，还经常作最后的总结讲话，发表意见。”
这得到深航一些员工的证实。在内刊《深航人》2008年中对一次公司管理人员大会的报道中，坐在主席台正中的李泽源显得十分特别：其他高管都穿正装出席，而他身穿未带肩章的淡灰色衬衣、头戴印有PLA和红五星的帽子。这也是他和各地省级干部会谈时的标准装束。为获得更多发展资源，李泽源代表深航以建设当地航空基地的名义和多个省级政府商谈合作。
2005年，收购深航前，李泽源将其持有的汇润公司股份转给赵祥。外界分析认为，原因在于当时李泽源尚处于假释期间，这一身份不具有担任公司高管的条件。于是，曾担任辽宁省葫芦岛市市长的赵祥走上前台，担任汇润公司及深航的董事长。
按照李泽源的说法，赵祥前期“还听话”，但是后来“失控了”。两人矛盾开始激化。
李泽源称他发现赵祥损害公司利益，私下捞取个人利益。后来他追回了部分财产，但仍有部分财产不知去向。
两人矛盾激化后，李泽源将赵祥赶出深航，将自己的儿子推向前台，担任深航董事长。赵祥则不断举报李泽源。在庭审中，赵祥自认为构成自首立功，但检方并不同意这一说法。
李泽源和赵祥在不同时期对深航的控制权成为庭审争论的焦点之一。李泽源最后陈述时亦将责任推给赵祥，赵祥不在庭审现场，无法回应。
与李赵之间的互相指责不同，第三被告人李昆则从事实层面为自己辩护。在本案中，李昆被指控的涉嫌挪用资金罪，涉及深航预付飞机租赁款一事。他称自己在深航并不分管飞机租赁事务，虽然在董事会决议上签字，但对这个项目仅仅是在非正常的场合听说，签字也仅是履行董事会的决议。
李昆曾担任南方航空[微博](3.02,-0.09,-2.89%)有限公司常务副总经理，后被聘为深航总经理，作为航空业内的专业人士口碑不错。不过，他既未能阻止高层的各种资金运作，也未能让自己处身事外。在深航任职的后期，李昆和李泽源的矛盾也日益激化。李昆曾和湖南省方面洽谈，原计划去湖南搞航空公司，但项目尚未启动，自己却已身陷囹圄。
罪责之辩
据起诉书，六名被告人被指控的挪用资金犯罪中，其中三起属于共同犯罪，另外四项只涉及李泽源一人。
这七起挪用资金行为包括收购大成饭店、投资重庆“骏逸·第一江岸”地产项目、预付租赁飞机款、收购空港酒店、预付广州基建款、预付配餐楼工程款和炒股。其中，共有三项尚未归还或尚未还清，合计7.55亿元。如本用于购买大成饭店的款项(总计6亿元)分文未还，投资重庆地产的款项还有一半(1.5亿元)尚未归还，用于炒股的款项尚有500万元尚未归还。
这些资金经深航转出后，不少进入了汇润公司的账户。以预付飞机租赁款为例，深航将10.2亿元租赁保证金支付给了由刘文彪控制的西北租赁有限公司(下称西北租赁)，西北租赁通过签订借款协议将这笔钱借给汇润公司，于是这些款项之后分别被转给了汇润公司及其指定的其他账户。
李昆仅在上述事项中被指控涉嫌犯罪。其代理律师北京市京都律师事务所律师田文昌和王九川认为，挪用资金罪有三个基本特征：私自挪用;挪用本单位资金;归个人使用或者借贷给他人使用。但是本案动用资金的行为均不符合以上特征：第一，该行为通过了董事会决议，有集体决策的事实;这个项目属于融资租赁性质，其真实性没有问题;项目从决策到执行都是公司行为。第二，深航这10.2亿元资金在依照协议转入西北租赁账户后，这笔钱已归西北租赁所有，并不是被告人“本单位资金”。西北租赁把钱借给汇润公司是企业间以互利为基础的拆借行为;李昆也没有参与拆借。第三，资金借给汇润公司不等于借给李泽源个人，汇润公司是由多名股东组成的有限责任公司，公司得到的利益不等于李泽源个人获得利益。
