一些科学工作者说爪哇谷洞本身就带有强大的磁场，它会干扰大部分设备正常工作，甚至是让一些精密仪器彻底报废掉。而且这个磁场仅限于这个大洞穴附近，只要离洞穴或是洞口稍微远一些，这个强大的磁场就会消失，至于为什么会这样，没有人知道。
爪哇谷洞可能就带有强大的磁场
也有的科学家认为，爪哇谷洞存在着“反物质世界”(如时间隧道)。现在，人们对宇宙的了解实际上还不多，只是了解正物质所处的范围，而宇宙当中还存在着反物质组成的体系。当正物质和反物质接近到一定程度，产生的压力就会把它们再分开。人们的这种神秘的失踪是正、反两大物质体系产生引力场局部弯曲时产生的“速灭”现象，而当“速灭”现象消失以后，引力场又恢复了原来的状态，失踪的人也就出现了。
