杭州有关方面尤其认为跨省流域断面的水质监测数据不完善，导致生态补偿很难有定量结论。“特别是上游来水中总氮和总磷单项监测指标甚至达到V类，对下游水质造成不良影响，下游不应对其进行补偿。”杭州市一位相关负责人表示。
除此之外，跨省生态补偿还有诸多难题需要回答。如怎么补、谁出钱、区域间如何协调等等。有关上游地区生态系统服务功能如何核算，生态补偿指标如何量化，补偿依据和标准怎么确定，如何明晰水权，如何为生态补偿提供法律保障等都需要明确。
皖浙两市政府与环保部门间围绕生态补偿机制问题上的话语权争夺，在长达5年的争议后，因不久前杭州市、淳安县的环保执法人员的一次跨省暗访，再次成为双方间的焦点。
杭州市、淳安县的环保执法人员今年第三季度组织了一次跨省赴黄山市暗访。执法人员从上游54条支流中，专门选取黄山市歙县、徽州区境内的两条支流及其附近的工业园区暗访、采水样化验，暗访发现的污染情况经浙江省环保局上报环保部，要求协调解决边界水污染问题。
黄山市政府随即向环保部作出答复和申诉，认为新安江水环境不存在跨水界污染问题，并认为，涉及跨行政区域的水污染纠纷等，应由上下游环保部门事实联合执法，杭州市、淳安县在未沟通的情况下跨区域环保检查与法不符、与规不合。
新安江是昔日徽商的母亲河。这条水似一条彩练般飘荡在皖浙间的山山水水间，她见证了徽商勤劳致富的辉煌历史，也使近千年来把杭州与近日黄山市无缝对接。如今，环境及其经济利益关系的交织，正在考验着皖浙两市干部群众保护这条“山水画廊”的能力和耐心。
黄山市前市长李宏鸣表示，他本人主张不用“生态补偿机制”而用“生态共享机制”的提法，一方面符合国际惯例，另一方面也能体现合作各方的情意。
建立跨区域的生态共享机制，走财政转移支付的路子目前客观上不太现实。李宏鸣认为采取“你帮助我发展”的环境友好型项目支持方式，即浙江方面给予黄山市发展能力援助、对口就业援助、合作开放等，应当是杭州浙江两地探讨建立新安江流域生态共享机制问题上的主要思路。
黄山市目前存在城镇环境基础设施建设薄弱滞后，工业底子薄、水平低，生态农业集约化、产业化程度不高，旅游产品结构不尽合理等问题。这些问题既是黄山市发展的劣势，又是赢得与浙江合作的优势。因为浙江在资金、市场、技术和管理等方面优势明显，与黄山市上述领域合作的空间很大，发展的潜力也很大。
比如，浙商可通过投资的方式参与黄山市的城镇环境基础设施建设，这样既获得了巨大的商机，又从源头减少了对新安江的环境污染，可谓一举多得；再如黄山市可划出一块地方，以“产业集聚、区域集中”的方式，作为皖浙合作发展生态工业的示范园区，实现“你发财我发展”的双赢格局。
