然而，菲律宾方面无视这些解释，随即做出军事反应，把所有的战斗机调到南沙群岛，在卡拉延增加驻军。并于三月底出动海军，把中国在五方礁，仙娥礁，信义礁，半月礁和仁爱礁等南沙岛礁上设立的测量标志炸毁。
甚至派出海军巡逻艇，在空军飞机的支援下，突然袭击了停靠在半月礁附近的4艘中国渔船，拘留了船上62名渔民，指责他们“非法进入菲律宾专属经济区捕鱼”，“非法破坏海洋自然环境”。
1999年3月，菲律宾侦察机拍到的美济礁上建筑。菲律宾称，中国在美济礁上建造可以起落直升机的三层混凝土建筑，带有明显的军事目的。图中上部为1995年建造的第二代高脚屋，中部为当年施工人员居住的临时工棚。
1999年3月，美济礁上新落成的建筑。
5月13日，菲律宾军方蓄意将争议升级，组织了38名本国与外国记者，分别用船只和直升飞机载运到美济礁进行所谓的“采访”，企图使美济礁事件引起国际上的关注。然而，当载有这些记者的船只驶近企图强行进入美济礁时，正在这里执法的中国渔政34号船接到上级命令，要将对方拦截在美济礁8海里之外，万一不行，将不惜一切代价将34号船打横、沉没于美济礁主航道中，誓死不让敌舰进入美济礁。
