为了维护“十七条协议”的尊严、祖国的统一和西藏人民的利益中央不得不在拉萨爆发叛乱后表明平叛的严正立场。3 月28日，周恩来总理发布国务院命令，责成西藏军区彻底平息叛乱。
遵照中央军委命令，由陆军第54 军军长丁盛、政委谢家祥等组成的中国人民解放军502 部队指挥所，率该军第134师和兰州军区第11师入藏参加平叛作战，归西藏军区指挥。
西藏军区以4个团兵力于4 月4 日至9 日由拉萨挥师南下，渡过雅鲁藏布江，以迂回合围的运动作战形式，对盘踞在山南地区的叛乱武装发起进剿。
1960年上半年，人民解放军又集中驻藏部队的主要兵力，对大股叛匪盘踞的腹心地区和边沿地区先后进行了6 次进剿作战，歼灭叛乱武装2 万余人。至7月， 人民解放军已在西藏全区范围内歼灭了大股叛匪，从而取得了平叛斗争的决定性胜利。
从1960年下半年开始，平叛斗争转入了全面清剿阶段，到年底，全区残存的零星叛乱分子不过1000 余名。至1961 年底，西藏地区延续近3年的武装叛乱被彻底平息。
在三年的平叛斗争中，人民解放军共歼灭叛匪93000余人， 缴获各种枪支35500余支，各种炮70门，电台41部，击毙和俘获空降特务25名。
当西藏叛乱爆发之时，美国舆论界普遍认为，中国政府不投入20 万军队就不能平息西藏的叛乱，而20 万军队每天需要1万吨物资，西藏的交通条件极其恶劣，是绝对不可能完成如此规模的运输任务的，因此，平息西藏叛乱将会是一项不可能完成的任务。
然而，完全出乎美国人意料的是，人民解放军只用了几万人的兵力，在短短的三年时间，就取得了西藏平叛的完全胜利。
平叛斗争的正义性和党的政策的感召，也使许多被裹胁的参叛人员日益觉醒，使叛乱队伍发生了严重的分化。三年中，经过政治争取而投诚的参叛人员，占被解决的叛乱武装人数的42.8％，其中在平叛的最后一年里，投诚人员竟占被歼总数的70％以上。
在平息武装叛乱的同时，党中央和毛泽东决定立即在西藏实行民主改革。1959 年7 月17日，西藏自治区筹备委员会通过《关于进行民主改革的决议》，在西藏全区掀起了一场轰轰烈烈的群众性民主改革运动，一举摧毁了封建农奴制度，实现了百万农奴和奴隶梦寐以求的当家做主的权利。
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