航空电子系统方，歼-16取消了空束管，相信和歼-10C、歼-11D一样，加装了有源相控阵雷达，有源相控阵雷达探测距离远、功能强，尤其利用多波束能力可以同时实现空空/空地模式，例如在地形跟踪飞行的时候，仍旧保持对空中目标的探测，超视距空空导弹方面可能会采用配备双脉冲固体火箭发动机的PL-12改进型主动雷达制导空空导弹，从而有效的增强了飞机的超视距空战能力，完全可以对抗配备最新配备的阵风F3战斗机，也就是印度空军采购的版本，配备有源相控阵加流星空空导弹。
近距空战武器方面 ，歼-16采用了新型翼尖挂架，说明它可能配备国产PL-10红外成像空空导弹，配合国产头盔显示/瞄准系统，具备更大角度的离轴攻击能力，目前第四代红外成像格斗空空导弹在我国周边国家和地区扩散非常明显，所以PL-10的配备提高歼-16与这些作战飞机的进行近距格斗的能力。
疑似国产第3架歼16原型战机与歼31同时亮相疑似国产第3架歼16原型战机与歼31同时亮相
电子战武器方面，歼-16机载综合电子战系统最引人注目的可能就是增加了拖曳式诱饵，从各国机载电子战系统的发展来看，增加拖曳式诱饵是一个趋势，尤其是在主动雷达制导空空空导弹日益普及的今天，歼-16配备拖曳式诱饵提高它在超视距空战之中的生存能力。
