于是三门峡工程改建的“两洞四管”方案确立。改建的四条钢管于1966年7月投入运用，增建的两个隧洞分别于1967年8月、1968年8月建成，水库淤积开始减缓，排沙能力依然不足，潼关以上河床“翘尾巴”淤积还在继续。
事实虽证明真理在黄万里一边，但令人伤心的是，有些人反而迁怒于提出正确意见的黄万里。1961年，黄万里“奉命在密云劳动，与昌黎民工同居同食同劳，所居半自地下掘土筑成。”“文革”中更贬他到三门峡挖厕所以示惩罚。
三门峡工程的一切问题和灾难都按黄万里的预言来了。我们从这一重大失败中总结教训，可以使我们获得大量思想资源。但传统文化的惯性却导致一些人要隐瞒真相，歪曲事实，混淆是非，为自己、为大人物、为尊者，文过饰非。
六次上书中央谈三峡问题
1980年2月26日，在度过了22年半的右派生涯后，黄万里终于获得了右派“改正的决定”。决定只有短短几行，称：“黄万里同志原划右派问题属于错划。经中共北京市委批准予以改正。恢复政治名誉，恢复高教二级教授的工资待遇。”
经历了20多年的冤屈镇压，黄万里仍没学会看政治风向表达学术观点。从上三峡大坝的消息传出后，黄万里就先后给众多国家领导人上书，不遗余力地反对在长江三峡上建大坝。
