除了飞机，日本海自舰艇特别是潜艇也具备“搅局”南海的强大能力。
日本退役海自官员斋藤隆曾在日本《世界舰船》上撰文称，随着美军在“第一岛链”水域的布控有些力不从心，而中国海军又在迅速崛起。
日本应考虑沿冲绳西南列岛直至小笠原列岛一线(即“第一岛链”和“第二岛链”之间的海域)部署强大的反潜探测及作战网，特别是基于警戒监视活动的需要，应该加速潜艇的生产和部署，尽快使海自水下舰队由16艘编制向22艘编制转变。
按照他的看法，考虑到中国海军在“第一岛链”水域(包括南海)活动趋向频繁，日本海自可改以潜艇担当秘密监视的“暗哨”，让对方无法察觉自己的监视行为。
另一方面，日本今后引进的潜艇将抛弃普通的铅蓄电池，改用不依赖空气推进系统AIP，提高潜艇水下连续航行时间，作为待机兵力部署在主要海峡，进行伏击和破坏海上交通线的作战。
斋藤隆特别强调，日本海自未来的潜艇舰队应奔赴更远更广阔的水域执行巡逻监视任务，这不但要增加潜艇数量，更要求潜艇提高搜索速度，假如速度能提高一倍，那么其搜索范围也相应扩大一倍，因此当务之急是提高潜艇更长时间里的中速搜索能力。
