2.中程弹道导弹射程极远而且难以拦截
中程弹道导弹用来打击航母，拥有三个方面的巨大优势。首先它的射程极远，超过1800公里以上的最大射程远远大于航母舰载机的战场控制范围;这使反航母弹道的发射系统，拥有非常强的生存能力和隐蔽性，舰载机根本做不到对其提前发现并摧毁。
比如以美国航母对台海军事干涉来说，美国在九十年代的公开政策是非接触性远程攻击为主;美军舰载的电子战飞机对大陆方向进行电子干扰压制，而战斗机对中国在沿海的兵力物资集结点、舰船进行攻击;但不会大规模深入中国领空，以避免战争全面升级。这并不是危言耸听，事实上作为干涉前奏的电子干扰压制，已经在1994-1997年多次发生过。
而在反航母弹道导弹服役以后，美国这一政策就在很大程度上失去了可行性基础。如果要消除对于航母的威胁来源，摧毁位于中国境内较深处的弹道导弹发射单位，美军的空中力量必须大规模入侵到大陆领空以内进行长时间活动——而且要找出具备强大隐蔽和机动能力的弹道导弹发射车队，成功的几率非常低。
独立号航母，曾经在1996年进入台湾海峡
另一方面，中程弹道导弹的拦截难度非常高。例如潘兴-II这样的典型工作方式中，导弹并不是直接飞向目标，而是先加速冲出大气层，弹头在大气层外飞行一段距离，然后再入大气层并冲向目标。这个过程中导弹的初段速度最慢，轨迹不能变动，但远远不在防空系统的射程范围内。
而在大气层外实现对中段飞行的弹道导弹弹头拦截，在现在虽然中美两国可以做到;但严格说仍然带有非常重的试验性质，成功的条件很苛刻，而且并不能保证太高的拦截率。这方面的能力，可以说到目前为止还不算是具备可靠战斗力的技术。
爱国者三型或者同级别能力的防空导弹何时会装备到美国军舰上，目前还是未知数
而在末端的难度并不比中端低，反而更高很多——因为精确制导能力是建立在主动飞行控制能力基础上的，这同时又意味着弹头会在末端不断变化飞行轨迹，进行机动突防。比如潘兴-II导弹的弹头在进入大气层时，就会采用螺旋式的飞行轨迹，而不是傻乎乎的一头扎下来。
尤其是美国海军目前在尖端防空力量上更新较慢，远不如美国陆军。美国陆军现在服役的爱国者三型防空导弹，其末端修正技术确实非常厉害，反导能力很强;但美国海军目前的防御体系仍然是标准系列和海麻雀，反导能力相当有限。这是因为美国海军的防空体系主要依托舰载机展开，此前舰艇本身并不会面临能够直接穿透舰载机防御圈的严重导弹威胁。
