实际上，印度尼西亚并不是南中国海争端的参与国家，但是中国的南海“九段线”纳入了印尼的纳土纳群岛，这遭到了印尼官员尖锐的指责。印尼国军空军准将，印尼政治、法律和安全事务统筹部国防战略小组成员法贺鲁曾表示，中国大陆宣称纳土纳海域是他们的领海，这种武断的宣称会对纳土纳群岛造成很大的影响。印方要求中国对其在南海的主权声索说明意图，以免造成不必要的误会或引发冲突。
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印尼陆军参谋长布迪曼去年表示，印尼将在纳土纳群岛部署4架阿帕奇战斗直升机，作为因应南海局势的先制措施。
今年2月，印尼陆军参谋长穆多科称南中国海是一个潜在的爆发点，应该加强在该地区的军事部署，因此在南海附近设立联合司令部，对应对外国的威胁是非常有必要的。他指出，到2024年，印尼军力部署的重点区域是西部，尤其是苏门答腊岛和加里曼丹等南中国海可能发生冲突的地方。
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印尼外长马蒂称，印尼并不是南中国海的主权声索国，所关注的是中国“九段线”的主权要求，关注原因是因为该区域与印尼纳土纳群岛周边资源丰富的海域存在重叠。实际上，印尼一直在推动解决海上领土争端问题。
