双方为争夺哈里发的职位爆发了隋芬之战。阿里在获胜的情况下，接受对方提出以《古兰经》裁判的和谈建议，从而出现了既反对穆阿维叶又反对阿里的哈瓦利吉派。661年初，阿里被哈瓦利吉派刺杀后，穆阿维叶取得了哈里发的职位。因此，围绕着哈里发问题的激烈争论，又形成了什叶派和穆尔吉埃派。什叶派不承认前三位哈里发和穆阿维叶作为哈里发的合法性。
穆尔吉埃派对此则持温和态度，主张哈里发问题应“推延”到后世由安拉裁决。而多数人则承认四位哈里发的合法地位，但对穆阿维叶担任哈里发职位一事，既不表示反对，也不表示承认。他们除尊崇《古兰经》外，还特别强调以圣训为立法、立论的依据，故被称为遵守“逊奈”的人们，即逊尼派。
嗣后，该派在同哈瓦利吉派和什叶派的斗争过程中，建立了自己的政治思想体系，以后又在同穆尔太齐赖派的长期论争中，逐步建立了自己的神学、哲学和教法学体系。从而使初期的政治派别，转而成为宗教的派别。
什叶派与逊尼派之间的敌意和善意什叶派和逊尼派之间的分歧，自伊斯兰诞生之初就已经存在，但是不代表两派之间就不能和睦相处。比如：在巴格达南部的小城卡达米亚发生的反美战斗中，有目击者证实，逊尼和什叶两派的人都参与了与美军的作战。目击者称：“参加战斗的人有的是萨德尔城的什叶派，有的是费卢杰的逊尼派。现在，抵抗力量已经团结起来。”
一座清真寺的墙上插出了这样一面旗子，上面写着：“我们在阿达米亚的旗帜和卡达米亚的旗帜是一样的，如果他们有了麻烦，我们就是他们的后援和他们的右手。”传统上，阿达米亚是逊尼派居住区，卡达米亚是什叶派居住区。两个居住区由底格里斯河上的一座桥连接。
现在，当地人说，民兵常常走过这座桥，到对面去商讨袭击美军的事。一些伊拉克人甚至表示：“现在我们在为政府工作，可是如果发生了那种事，我们就会为萨德尔而战。”
在伊拉克、叙利亚、约旦、黎巴嫩、阿富汗和巴基斯坦，两派的高级学者和宗教领袖们同意两派别的民众互相交流，到对方清真寺参加活动，允许跟随彼此的伊玛目礼拜，互相通婚。
在国际上，两个教派的领袖们参加共同的会议，遵循《古兰经》和圣训为穆斯林世界的利益坚持一致的立场。什叶穆斯林的伊玛目和领导人主动宣传和号召穆斯林世界的团结，消除分歧。
