不光中国人这么认为，连日本国内也有很多人持同样的观点。日本前首相羽田孜就称自己是徐福的后裔。日本人都尊徐福为“司农神”和“司药神”。至今，日本仍保留着包括徐福墓、徐福宫、徐福上陆纪念碑在内的许多遗址。每年秋季，佐贺县人民都要向供奉在“金主神社”中的徐福敬献“初穗”。每隔五十年，要举行一次规模盛大的祭奠。
但也有史学家认为这些不足以说明天皇起源问题。他们认为徐福东渡这个故事本身就存在很大的争议，找不到可靠的历史文献来证明，即便是真的，《史记》中也并没有讲明徐福渡海到了何处。
一些史学界观点认为，日本近代天皇制的确有些部分起源于中国，生活特色、信仰特征也比较类似。但这并不能证明中国人就是日本天皇的祖先。南开大学日本研究院教授李卓认为：“虽然秦、汉代远古时期，中国战乱，有大批中国人逃亡到日本移居，（但日本天皇）是不是起源于中国很难说。”
血统说之二：朝鲜人？
与天皇血统来自于中国相比，天皇之根脉来自于朝鲜的说法似乎更具有遗传学上的“论据”。考古学家在1980年代，曾为一副日本原住民骸骨进行DNA测试，得出的数据和现代日本人差异很大，仅和北海道一批现存的少数族裔稳定；东京大学医学院的德勇胜士也在2003年，比较了东亚各国人第六号染色体的HLA遗传基因，结果发现日本人不像冲绳人或北海道阿伊族人，反而更像朝鲜人。
另一个被广为流传的例子就是，明仁天皇68岁生日那天承认，桓武天皇的母亲是古代朝鲜百济王国一位国王的家族中人。他的依据是日本编年史上的明确记载：“公元781年即位的桓武天皇的母亲就是古代朝鲜百济王国的王族中人。”
不过史学界对此也存有质疑：“明仁天皇之所以这么说，有可能出于其他的目的，比如外交的考量等等。还有即便最后证明是朝鲜人，这无形中给当年日本侵略朝鲜提供了很好的借口。”
