2013年7月,刘雷任新疆军区政委,2013年11月被任命为新疆维吾尔自治区党委常委。
2014年7月,时任新疆军区政治委员的刘雷与兰州军区副司令员彭勃、兰州军区参谋长何清成一同晋升为中将军衔。2014年12月,刘雷接替苗华出任兰州军区政委,跻身正大军区级将领之列。
刘雷担任新疆军区政委期间,多次召开专题民主生活会。据《解放军报》报道,2013年10月15日晚,在新疆军区党委常委专题民主生活会上,大 家拿起批评和自我批评这一“利器”,掏心见胆,揭短亮丑。不少人感慨:“这种真刀真枪的批评和自我批评,真是一次终生难忘的思想洗礼。”

习近平将军旗郑重授予陆军司令员李作成、政治委员刘雷。

习近平将军旗郑重授予陆军司令员李作成、政治委员刘雷。
《解放军报》的上述报道提到,军区政委刘雷在自我剖析时说:“强烈的忧患意识、使命意识、责任意识没有在脑海中牢固确立起来,坚定的群众观点、群众立场、群众方法没有真正转化为认识论方法论,没有把正确的权力观、事业观、利益观作为为官从政的行为准则全面坚守。”