受到解放军海军保留“宋”级潜艇双压艇体设计(两个艇壳：内艇壳和外艇壳，而不是只有一个艇壳)决定的影响，在设计“元”级潜艇时，解放军海军建筑师主要计划利用该级潜艇执行咽喉要道控制及反水面反舰巡航导弹(ASCM)作战任务。
对于像解放军海军这样的技术落后海军力量，双压艇体设计的主要好处在于增加了声纳吸收的面积，而且还能够加装消音瓦。虽然双压艇体设计过去是用来提高生存系数的(俄罗斯“基洛”级潜艇的双压艇体实现了32%预留浮力，这使其即便6个舱室有中的一个舱室及其毗邻压载舱进水时，仍然能够上浮)，但这种设计极不可能使“元”级潜艇在被像美制Mark 48这样的现代鱼雷击中后还能够逃出升天。
双压艇体设计让解放军海军付出了极大的性能代价：采用这种设计成本高昂，难以维护，而且增加了潜艇的体积，进而增加了流体动力阻力，降低了发动机的有效性，缩短了潜艇航程，最终还影响到了潜艇的使用寿命。要限制潜艇体形，就需要限制潜艇内部空间，而这又会降低潜艇在弹舱、燃料供给、可居住性等方面的能力。相比之下，单艇壳设计更轻便，航行速度也更快，而且拥有更高的内部空间/排水量比，但鉴于解放军海军的技术较差，这种设计也会削弱潜艇的隐蔽性--由于消声技术先进，数十年来，美国一直使用单单艇壳设计潜艇。
很明显，为了提高“元”级潜艇的隐蔽性，解放军乐意付出航程和速度等方面的性能代价。不过，利用双压艇体设计强化了“元”级潜艇作为咽喉要道守卫者的作用，不能在“有一天能够像核潜艇”那样执行蓝水任务。
解放军海军可能接受了这种代价，因为“元”级潜艇无需为了威胁对方而追逐高速移动的水面舰艇：C-802反舰巡航导弹射程达180千米。“元”级潜艇还能够发射解放军新型超音速反舰巡航导弹鹰击-18。据称，鹰击-18能够以0.8马赫的速度飞行180千米，以2.5至3.0马赫的速度飞行40千米。这一点非常重要，因为导弹的超音速飞行速度，在降低对方反应时间的同时，也加大了对方采取反制措施的难度。
造价低廉可形成对敌数量优势
虽然与常规柴电潜艇相比，技术水平较先进的核攻击潜艇，比如美国的“弗吉尼亚”级核动力攻击潜艇，拥有重大优势，只要时间足够，就能够把隐藏在暗中的“元”级潜艇连根拔起，但消灭柴电潜艇却因为这种潜艇相对“低廉”的造价变得更加困难。与拥有纯核潜艇编队的美国海军相比，解放军海军能够部署大量柴电潜艇。
法制“鲉鱼”级AIP潜艇和俄制“拉达”级 潜艇在尺寸上都与“元”级潜艇相似，出口单价约为4.5亿美元。尺寸较大的日制“苍龙”级潜艇价格约为5.4亿美元(这是第六艘“苍龙”级潜艇的价格，因为此前已经完成潜艇设计，而且有完善的造船厂，所以价格较此前有所降低：“元”级潜艇也存在这种情况)。“元”级潜艇的价格不得而知。不过，目前有报道称巴基斯坦最近以2.5亿至3.25、乃至超过5亿美元的价格采购该级潜艇。然而，这些早期报道提到的价格可能并不准确。而且，巴基斯坦采购的“元”级潜艇实际上有可能会是其较小型(更廉价)的非AIP出口型，即S-20潜艇。最近，相关报道并未提到过解放军海军购进“元”级潜艇的价格。毕竟武器出口价格受到大量经济及政治因素影响，更不用说国内的生产成本的不同。
一般来说，“元”级潜艇的生产价格可能类似于与其尺寸类似的“拉达”级和“鲉鱼”级潜艇。这就意味着该级潜艇的大约成本在“弗吉尼亚”级潜艇(28亿美元)的1/6左右。虽然常规柴电潜艇的性能无法与核潜艇相提并论，但由于成本相对低廉，所以在对战美国核潜艇的时候，解放军海军占据了2：1的水下平台数量优势。这也正是解放军海军采购“元”级潜艇的步调如此之快的原因。一旦发生冲突，解放军水下数量优势可能会减缓美国清除南海“元”级潜艇的速度。在涉台或南海冲突中，这将为解放军海军赢得宝贵的时间，使之完成既定目标。
