对于南海立场，台“总统府”发言人黄重谚称，台湾当局的态度一直相当清楚，南海地区的争端向来主张以“搁置争议、共同开发”的方式处理，与相关各方共同促进地区和平与稳定。不过，国民党“立委”江启臣11日就“是否放弃U形线”以及“我们的立场到底是什么”质询陆委会主委张小月及“外交部次长”李澄然时，两人都支支吾吾，甚至干脆不说话，江启臣大为光火，“明天结果就要出来了，你们不能不说话啊！”11日，“立法院”内政委员会通过临时提案，在朝野“立委”一致支持下，要求“海巡署”应在南海国际仲裁案前，依据海域情势灵活调度一定规模及数量的巡防艇，支持太平岛海域。
事实上，自从蔡英文上台以来，对国民党之前主张的“U形线”一直只字不提。淡江大学国际研究学院院长王高成称，如果裁决结果对大陆不利，台湾也默认，陆方会对台不满，将冲击两岸关系；若台湾表达不接受，坚持“U形线”立场，与美、日和东南亚等的关系就会受影响。他建议蔡英文当局采取模糊策略，只清楚说明“U形线”的内涵，重申台湾在南海的既有权利。政治大学国关中心研究员严震生认为，台湾未参与仲裁，但结果可能影响太平岛地位，因此不需要与大陆一样强烈，但要表达的目的是一致的，同时借机凸显台湾必须被纳入国际组织的迫切性。《旺报》11日评论称，在南海局势日益紧张之际，台湾却以“防台风”为由撤回驻守太平岛的舰艇，让人质疑蔡当局捍卫南海主权的决心，也更令人忧心其对两岸关系的冲击。文章说，更受大陆方面关注的是蔡英文会不会在“U形线”立场上有所退让，一旦如此，就等于提供美菲攻击和削弱大陆“九段线”主张的借口，届时北京必将强烈反应，两岸关系将从冷对抗升级为热对抗，蔡英文所谓“维持现状说”将无以为继。
