山本五十六估计会有2艘、也许是3艘美国航母参战，他可以依赖数量上的优势（日本人认为“约克城”号航母已在珊瑚海被击沉或摧毁，而美国在太平洋地区的最好一艘航母“萨拉托加”号则去向不明）。如果他们知道或怀疑美国摸清了他们的计划，那么山本和南云完全可以把他们的潜艇部署到舰艇前沿，很可能会在中途岛和夏威夷之间形成一道屏障。这些潜艇会发现开往中途岛的美国舰队，并报告给日本海军。这样的话，美军航母遇到的将不是一支对中途岛进行轰炸后正在补充弹药的毫无防备的日本舰队，而是一次由性能更优越的战机和经验丰富的机组人员实施的准备充分的伏击。
如果交换位置，美军有可能在中途岛遭遇实际上降临在日军头上的那种灾难性失败。一个符合逻辑的结论是中途岛将落入日军之手：尽管有重兵防守，但该岛将会被包围。在美国航母被消灭的情况下，日军将占据空中优势，从而使日本军舰和飞机可以随心所欲地轰炸守军。
接下来呢？在这种假想的状况中，美国海军在整个太平洋地区将只剩下1艘航母（即在战役进行时正在圣迭戈进行整修的“萨拉托加”号）。尽管美国能够及时建造新的航母，最终在数量上压倒日本海军，但这需要时间。据库克称，在1942年底之前美国没有建造完工任何新航母，这实际上会使日本主宰太平洋的时间再延长6个月。
于是我们看到了第三级的反事实假设。华盛顿很可能会让山本五十六感到失望。尽管日本当时仍然拥有战略主动，但如果在中途岛遭遇灾难，美国几乎不可能愿意与日本谈判。在一段时间内，日本很可能会继续其进攻行动。在没有美国航母可以阻止日军的情况下，日军重新启动“斐萨行动”似乎是一个可能性很大的结果。对澳大利亚、阿拉斯加和锡兰（今斯里兰卡）的进攻和袭击则是其他的选择。不过，还有另一种令人可怕的可能性。库克和夏威夷大学的约翰·斯蒂芬认为，山本五十六和另外多名日军海军军官主张在占领中途岛后，应该实施一场夺岛战役，最终目标是占领夏威夷。这无论如何都是一项艰巨的任务，日本海军将在补给线极其漫长的情况下作战，但是在没有美国航母对日军进行阻止的情况下，这么做至少在理论上是可行的。不管怎样，夏威夷将变得越来越孤立。
