巡防舰上48组垂直发射箱，依作战任务不同，将天剑二与天弓三两款舰空导弹与增程型垂直发射反潜火箭作混合搭配。推测可分配12组垂直发射箱装载四十八枚剑二舰空导弹，24组垂直发射箱携带24枚天弓三舰空导弹，另外的12组垂直发射箱装载增程的反潜火箭（VLA-ER）。近迫防卫则由前后两套中科院“海箭羚近程导弹防御系统”担纲。
UH-60M黑鹰运输直升机
反舰导弹估计至少可携带16枚导弹，由雄风二反舰导弹、雄风三超音速反舰导弹及雄二E-ER攻陆巡航导弹，依任务需求混合配置。对于一艘二千吨（满载近三千吨）的巡防舰来说，防空、反潜、反舰与对地打击火力都可数世界一流。
由于穿浪三体船有着宽敞的甲板及船舱，机库内可以停放两架直升机，可依任务需要装载反潜直升机执行反潜；停放无人直升机执行海域战情侦搜与超视距打击的中继；此外也可携带类似以色列的哈比反辐射无人攻击机，对于敌方舰载雷达进行压制。支援特种作战任务时，亦可搭载突击直升机对敌进行空降突击。
报道称，由于南海局势升温，为因应南海的变局，台海军代号“弘运计划”所规划的两艘两万吨级多功能两栖突击母舰，已经确定采用全通式甲板设计，可以让5架直升机同时进行起降作业，依任务需求不同，可搭载MH-60R反潜直升机、AH-1W超级眼镜蛇或AH-64D长弓阿帕奇攻击直升机、UH-60M黑鹰运输直升机，或CH-47SD奇努克重型运输直升机。
两栖突击母舰的共同特征就是舰上有长方形全通式飞行甲板，舰身内有装载登陆载具的船坞，登陆载具由舰尾的大型闸门进出，可以搭载LACA高速气垫船。集合了两栖突击舰、船坞登陆舰、两栖运输舰、灾害救难船的功能于一身，适于在全球任何水域作业，配合磐石多功能运输舰的医疗与运输能量，未来台湾海军在东海及南海将能扮演更积极的角色。
F-35垂
报道称，台军规划的两栖突击母舰采全通式甲板，其实就是一艘直升机母舰。直升机母舰除上述的功能外，还可以担任反潜作战的平台。检视日本出云号直升机驱逐舰，设计可搭载14架直升机，其中一半以上是负责反潜作战。未来还规划部署F-35垂直起降战机在出云号上，可担任舰队防空的任务，俨然是一艘轻型航母。所以台军未来如果购入AV-8Ⅱ海鹞式战斗机，甚至F-35垂直起降战斗机，两栖突击母舰也可以作些许改装，成为一艘轻型航母，担负舰队防空任务。未来台湾海军将可由两栖突击母舰领军，搭配两艘神盾驱逐舰、四艘三船体导弹巡防舰和一艘潜艇，组成两支“梦幻的航母特遣舰队”。
报道称，争取潜艇已成为防务政策的一部分，台湾防务部门已多次对外表明，采取台湾制造与购买两案并行来获得潜艇。但是台湾的潜艇，不论是自制或是外购，如果没有美方的同意与支援，要走的路仍很漫长。尤其是欧洲主要潜艇制造国家目前与大陆的关系如此密切，台湾潜艇的自建或外购，目前看起来仍是前途未卜。
台军在15年海军兵力整建完成之际，台湾自制的潜艇计划也同时进行。
