鉴于林毅夫对中国经济现象的独到研究和见解，以及他在世界经济学界的地位，一些著名学者预言，他将是我国最有可能问鼎诺贝尔经济学奖的经济学家。
乡愁是一方矮矮的坟墓：1996年，林毅夫的母亲不幸亡故。初闻噩耗，林毅夫失声痛哭，泪流满面。林毅夫因台湾当局的阻挠而未能成行，此事成了林毅夫的终生遗憾。
2002年5月9日，林毅夫的父亲林火树在宜兰老家溘然长逝，享年84岁。当时，林毅夫应邀出席在美国旧金山举办的一项国际经济学术研讨会，面对记者的镜头，他潸然泪下。
悲痛之余，林毅夫向台湾有关方面提出赴台祭父的申请，引起了海峡两岸新闻媒体的极大关注，有关20多年前尘封的往事再次成为报刊连篇累牍爆炒的话题。台湾“总统府”和“国防部”高官纷纷发表谈话，对林毅夫当年的“叛国”、“投共”极尽严厉之辞，在台湾社会中引起轩然大波，给林毅夫奔丧之事蒙上了一层扑朔迷离的色彩。
林毅夫本想低调申请返回台湾奔丧，没想到竟引起台湾社会激烈的讨论。他不无遗憾地说：“我不希望在父亲过世的时候，再次引起太多争议……我最希望能让我很低调地回去看我父亲一眼，在他火化之前再看他一眼……台湾毕竟是我魂系梦牵的地方。”
林火树的灵柩一直停放在宜兰县员山乡福园，20多天都未入殓，家人想让林毅夫见父亲最后一面。林毅夫的大哥林旺松表示，父亲生前经常提到想再看看弟弟一家人，希望台“政府”能以人道考量，尽速让他回台，以尽其孝思。
5月30日，台湾当局“基于人道精神考虑”，同意了林毅夫返台奔丧的申请，至于林毅夫案是否超过追诉期属于法律适用问题，其结果不代表“政府”对该项“叛逃行为”的评价有所改变。
然而，由于林毅夫回台奔丧的问题已被泛政治化，林毅夫和他的家人都改变了初衷，林毅夫最终放弃了返台奔丧的念头，由妻子陈云英代为奔丧。
6月2日下午，陈云英怀揣林毅夫的亲笔悼父文，搭乘班机飞抵台北中正机场，当晚歇脚于娘家。次日清晨，在林毅夫大哥林旺松的陪同下，陈云英前往宜兰县员山乡福园的林父灵堂祭拜。6月4日，陈云英披麻戴孝，背上还背着林毅夫的麻衣，在林火树灵前难抑悲痛，放声大哭。她哀伤地说，麻衣让她感到很沉重，她的心也因为丈夫不能回台奔丧感到痛苦。她还说，她这一代40岁以上的人所怀抱的情感，不是今天这个时代所能理解的，她和台湾的感情是割不断的，她是台湾人，也是福建泉州人，她爱台湾，也爱大陆。随后，她又到龙潭公墓上香祭拜婆婆。
同日上午，在北大中国经济研究中心，林毅夫和女儿林曦亲手布置灵堂，透过互联网现场连线直播方式参与父亲告别式。
林毅夫写的《祭父文》凄婉感伤，对于父母过世而自己却无法“执手扶送”，表达了无尽的哀思和遗憾。他回忆说，自己弱冠之年，赋性顽介，愤愤诸事，而他的父亲则每次都以动心忍性的掌故相勉。1979年离家远去，关山重重，有家归不得，而今是“子欲养而亲不在”……他动情地说：“阿母病危，未能侍奉左右；阿爸抱病卧床，仍无返乡之途。黄泉路口，不得执手扶送，长留阿爸、阿母无尽之憾。终天惟有思亲泪，寸草恨无报春晖。 ”
林毅夫透过互联网看到亲人和父亲的灵位时，泪流不止。当他听到宜兰告别时法师说“宜兰下雨可能是因为儿子没有回来”时，踉跄地跪倒在父亲的灵位前，痛哭失声。告别式结束后，他仍向父亲灵位跪叩不起，最后在女儿林曦和学生的搀扶下才缓缓离去。
林毅夫与北京大学中国经济研究中心
1994年，回到母校北京大学，林毅夫联合多位海外留学归来的经济学人，共同成立了北京大学中国经济研究中心（CCER），并出任主任一职。CCER自成立之日起，就秉承北大优良学术传统，以推动中国经济改革和发展为己任，以建立一所世界一流的经济学和管理学研究与教学机构为目标，不懈致力于科研发展、教学革新、人才培养、国际国内学术交流与合作。林毅夫为此付出了巨大的心血和汗水。“从1994年成立中国经济研究中心以后，国内主要政策的制定与讨论我们都参与了，包括电信改革、加入WTO、金融改革、农村发展、社保体系、农民工、粮食问题，等等。由于研究中心提出的许多政策建议独树一帜，一直都是比较受重视的声音，许多思想和观点都成为改革的主要内涵。”
以此为平台，林毅夫与世界上许多经济学大师，特别是诺贝尔经济学奖得主建立并保持着极为密切的关系。仅在北京大学中国经济研究中心十周年庆祝期间，他就以“站在巨人的肩上”为题，邀请了罗伯特·蒙代尔、约瑟夫·斯蒂格利兹等10位诺奖得主前来北大演讲，让北京学子早早地接触到世界最前沿的经济学理论和发展趋势，取得了较好的效果。2005年6月，由林毅夫掌门的北京大学中国经济研究中心荣登财经媒体和中国留美经济学会推出的“中国内地经济学教育研究能力排名”榜首。这是自《财富》杂志和《福布斯》杂志评选由该中心主办的北大国际MBA为中国最具价值的商学院之后，该中心主办的项目再次得到学术界和社会的肯定。
如今，该中心已经成为中国经济学研究的大本营，林毅夫更是桃李满天下，学生遍布北京大学、哈佛大学、斯坦福大学、芝加哥大学等全球各地。
不仅如此，林毅夫还和他的同仁一道，成立了国内研究金融改革的重要机构——长城金融研究所，为中国的金融体制改革和大力发展民营银行而奔走呼号，并取得了巨大效应。
