“技术变迁与收入在农户间的分配：理论和来自中国的证据”获《澳大利亚农业与资源经济学杂志》1999年度最佳论文奖。1999年6月第43卷第2期。
人事部中青年有突出贡献专家1999年。
教育部人文社会科学跨世纪优秀人才1998-1999。
国际小麦和玉米研究所（绿色革命发源地）1998年度杰出经济学家讲座。
澳大利亚农业和资源经济学会1997年约翰.克劳夫爵士奖(每两年从各国农业经济学家中选出一位给奖)。
《充分信息与国有企业改革》获1998年北京市第五届哲学、社会科学著作二等奖。
《中国的奇迹》获1996年北京市第四届哲学、社会科学著作一等奖。
《中国农业科研优先序》获1996年北京大学第五届科研著作一等奖。
美国国际粮食和农业政策研究中心1993年政策论文奖（每年一位）。
《制度、技术和中国农业发展》获1993年孙冶方奖（国内经济学最高奖）。
1993年起享受国务院有特殊成就的专家津贴。
个人小传被收入《世界名人录》、《世界科学和工程名人录》、《国际名人辞典》、《国际年度名人》等。
主要作品
《制度、技术和中国农业发展》，上海人民出版社和三联出版社，1993年。《中国的奇迹：发展战略与经济改革》，中文简体字版，上海人民出版社，1994；中文繁体字版，香港中文大学出版社，1995；英文版，香港中文大学出版社，1996；日文版，东京日本评论社，1996；韩文版，汉城白山书社，1996年；法文版，巴黎Economica出版社，1998；越文版，胡志明市，西贡时报出版社，1998。
《中国农业科研优先序》中国农业出版社，1996年。
《充分信息与国有企业改革》，中文简体字版，上海人民出版社，1997年；中文繁体字版，香港中文大学出版社，1997；英文版，香港中文大学出版社，1998；日文版，东京日本评论社，1998；俄国：科学院远东研究所印2000年。
《中国的奇迹：发展战略与经济改革》（增订版）上海人民出版社，上海三联出版社，1999。
《再论制度、技术与中国农业发展》，北京大学出版社，1999。
传奇经历
投笔从戎的高才生：1952年10月15日，林毅夫生于我国台湾省宜兰县，父亲林火树给他取名叫林正义，是希望儿子长大后为人正直，富有正义感。曾子曰：士不可不弘毅，任重而道远。林毅夫据此将自己的名字改为“毅夫”。林毅夫自小牢记国父孙中山先生的遗训：“惟愿诸君将振兴中华之责任，置之于自身之肩上。”一个人如果有能为十亿人谋福祉的能力，就应该毅然投身到这样的事业中去。因此林毅夫后来从台湾毅然泅过海峡，投奔到祖国的怀抱，实现了父亲和自己的一个梦想。1975年，林毅夫以第二名的成绩毕业于陆军官校正期生四十四期步兵科，随即留校担任学生连排长，第二年考上国防公费台湾政治大学企业管理研究所，1978年获政大企管硕士，随即返回军中，派赴金门马山播音站前哨担任陆军上尉连长，负责接待外宾参观第一线连的任务。马山连是全师最重要的一个连，不但全连官兵都是精挑细选出来的，而且装备福利都是全师最好的。因为这个连的位置正在马山，是全金门距大陆最近的据点，退潮时离对岸直线距离只有2300米，通过望远镜可以清楚地看到对岸军民的活动，所以多年来都是金门防务部接待外宾眺望的明星据点。
林毅夫自己买了一台半导体收音机，每当夜深人静，他就悄悄地收听大陆电台，遥望对岸星星点点的灯火，心潮澎湃，对祖国大陆充满了无限向往之情。然而，台湾海峡如一道屏障，硬是生生地将两岸人民骨肉分离，使他心中的“大中国思想”无法实现。他痛恨这种人为的分离，却又无法改变现实。
林毅夫曾听人说，十年前，金东题旅部某连有一名搜索排长，从天摩山下由后屿坡泅水到对岸。当时这名排长事前向蛙人借了“蛙鞋”，只说要下海学游泳，泅水的当晚到一家小店吃了一碗绿豆汤，第二天一早对岸就广播，宣布那名排长“起义归来”。
这个故事给了林毅夫极大的启发，他的心情豁然开朗。经过深思熟虑，一个大胆的念头冒出来了。
金门马山连长神秘“失踪”：林毅夫身材高大健壮，平素爱打篮球，且技术超群。按照当时盛传的说法，1979年5月16日傍晚时分，林毅夫“假传演习命令”，下达宵禁令，由连传令兵通知沿海岗哨，不准驻防马山播音站的官兵在夜晚点名后走出营房；若发现有人下海游泳，严禁开枪射杀，以让游泳者顺利泅水“叛逃”对岸；即使听到枪声，也不准一探究竟。其实，那个“游泳者”不是别人，正是下达宵禁令的林毅夫。
林毅夫失踪的那天晚上，金门全岛鸡犬不宁，所有驻军出动，连夜展开全岛水陆两域地毯式搜索。为防“叛逃”泄露军机，连队当即修订了作战计划，两天后展开了全岛东西守备部队互换防区的大规模演习。
社会上一直传说，林毅夫是抱着两只篮球游过海峡的。这个传说，在2008年3月7日的林毅夫夫妇的新闻发布会上，被证实是谣言。陈云英（林毅夫妻子）在发布会上透露，林毅夫是个游泳健将，至今仍可以连续游2000米。“没有人能抱着篮球游过台湾海峡，不信你抱抱看！”林毅夫这时插进来说，“尤其是两个篮球。”在场记者全被夫妇二人逗笑了。
