在坚持了一个星期的“天气是返航主要原因后”，东航4月7日向外界承认在3月31日发生的集体返航事件中，部分航班的返航存在“明显人为因素”。4月7日，东航暂停了涉嫌“人为返航”飞行员执行任务，要求他们协助调查组进行调查。
中国民航局调查组成员、民航局云南安全监管办公室副主任余国强说：“飞行员‘人为返航’背后的原因到底是什么？这也是我们调查组要查清的问题。对于媒体报道的飞行员因税过高、因小时费低等待遇原因而‘罢飞’的说法，目前根据调查组掌握的情况，尚未得到飞行员的认可。”目前，事件原因仍待查。
工作人员
劳资双方存在矛盾
此次采访异常困难，东航云南分公司表示所有消息以总公司发布的为准。经过艰苦努力，记者采访到一些包括飞行员在内的公司工作人员，了解到事件背后的一些情况。
一位飞行员说，以前同分公司就工资待遇、税收问题进行过多次协商，但分公司无权对这些问题解答，反映到总公司又没有回应，飞行员对此颇有怨言。
不仅飞行员对公司有意见，包括地勤人员，办公室人员对东航的运作也有看法。一位东航飞机维修人员告诉记者：“要不是地面工作人员的可替代性太强，地面人员也早就罢工了。”
东航公司
飞行员管理出现问题
4月7日，中国东方航空股份有限公司责令东航云南分公司总经理杨旭、党委书记李明道停止工作。东航公司还表示，对于管理体制上的漏洞，将积极补救。
这家公司表示，当前对飞行员的管理出现了大问题，导致了部分飞行员思想松散、职业道德缺乏，应该从管理上寻找突破，做好今后的工作。
但记者调查发现，“返航”事件不仅有航空公司管理存在的问题，同时也有航空公司体制改革遗留的问题。东航云南分公司一些工作人员表示“这次事件不是飞行员单独的问题，而是常年来航空公司和工作人员矛盾的瞬间爆发”。
不仅飞行员，很多地勤人员、办公室人员也都对东航公司运作有意见。
一位业内人士说，顺着管理上的不足这条线索往上延伸，可以发现近年来一些航空公司的纠纷，大多与航空体制改革遗留的问题有关。
东航云南分公司一位飞行员透露，不少飞行员多次提出诸如“小时费”等待遇问题，但分公司基本无法答复，只能送交总公司，而反馈渠道不畅让飞行员“很有怨气”。
也有地勤人员反映，即使干得再好，也是拿一样的工资，没有工作积极性，因为“东航要综合考虑各家公司的发展，制度上严重不合理”。
云南省政府航空管理办公室主任吴凡认为，对“返航”事件真相的热盼反映了公众需要一个安全有序的航空环境，这很大程度上也取决于一个良好的航空体制和机制。
飞行员坚持是“天气原因”
据调查组介绍，在飞行员“返航”后交给公司的常规航后报告中，均写着“天气原因”返航。
事件发生后，东航应急工作组也于3月31日下午进驻云南分公司。应急工作组组长舒明江4月8日告诉记者：“在组织运力于4月1日下午疏散完毕旅客后，东航工作组4月2日上午开始找飞行员进行调查，所有飞行员都坚持‘天气原因’是返航的理由。”
4月2日下午，中国民航局西南地区管理局派出调查组，来到东航云南分公司。4月3日全天，找到当时在家的8名飞行员谈话，这些飞行员都反映是“天气原因”返航。
破译、整理飞行记录
调查组介绍，为了加强对飞行安全的控制，原民航总局要求所有飞机安装快速存取记录器，这种仪器能自动对飞行员的飞行状况进行记录。
这种仪器，4月2日上午已被云南监管办封存，此时成为调查的重要证据，监管办要求东航尽快将21个航班的快速存取记录器的数据破译出来。
当天，东航把记录器送到云南分公司译码中心进行破译。记者来到译码中心，负责人袁家琪告诉记者：“这些机器里的记录全部是数字编码，必须由专门的仪器对编码进行破译，破译是仪器自动进行的。由于只有1台仪器，破译了两天两夜，才把21个记录器译完，破译后的文字记录，是一组组数据。”
4月3日，民航局西南地区管理局调查组在调查完一些飞行员后，把已被云南监管办封存的21个航班的飞行员在空中与地面管制员之间的陆空通话记录调出来，对每个航班的对话，听着录音进行整理。
调查组成员、云南监管办陈鹏德告诉记者：“我们一组10个人忙碌了一天，把录音整理成了文字记录。”
用数据筛选“人为返航”
4月5日，民航局调查组来到昆明，对已经整理出来的飞行数据、陆空对话记录、飞行员返航报告进行对比分析。4月7日3时，航班数据分析终于完毕。遗憾的是，有部分快速存取记录器出现故障，破译不出数据，无法进行分析。
中国民航局调查组成员、民航局云南安全监管办公室副主任余国强说，调查显示，有一架航班是因为飞机上的偏航阻尼器失效而“返航”的，机长报告里如此写着，调查组与飞机维修基地联系后，看到维修记录上显示着同样原因。余国强介绍，通过对陆空对话记录的分析和对塔台管制员的了解，发现飞临沧、文山机场等一些机组的航班是因为风速超标、在地面管制员的指挥下“返航”的。调查组与当地机场联系，取得了当地机场的证明材料。
