2004年4月19日，王琼英再次指令财务人员先行将1015.3万元上划到21000217账户，用于购买 2004年记账式(三期)国债。次日，中科证券昆营部经理张广南才到丽江与王琼英补签《国债托管协议书》，并允许中科证券公司将其购买的1000万元国债用于上海证券交易所从事国债回购业务。同年5月4日，王琼英才向丽江市住房公积金管理委员会作出关于用公积金购买国债的请示报告，5月19日，管委会予以签批同意。
由于两份协议中含有准许中科证券公司进行国债回购业务并约定了高于财政部发行的国债利率等内容，中科证券公司将该国债用于回购融资，到期不能购回，无法将国债归还丽江市住房公积金管理中心。同时，因中科证券公司从中支付中科证券昆营部居间费用和支付丽江市住房公积金管理中心额外利息，上述2015.30万元购买国债资金在中科证券公司破产后被界定为债权债务，纳入中科证券公司破产清理程序处理，致使尚未收回的国债本金1665.30万元至今无法全额收回。
庭审提交的证据表明，丽江住房公积金管理中心的会议记录本中2004年4月14日“关于住房公积金相关问题的研讨”(即购买国债)这一份记录是2006年9月份“中心”副主任和志辉授意文秘和鸿志补作的。
而关于2004年4月16日丽江住房公积金管理中心关于购买第一笔1000万元国债的决定上，丽江市公积金管理委员会原常务副主任杨勇、周毅的签名，杨勇和周毅两人在证言中表示，“签名属个人意见不能代表管委会，后来才知道有一份补充协议”。
无视禁令一意孤行
就在丽江住房公积金管理中心将资金投向国债市场的2004年，国内因同类投资而造成住房公积金损失的案件不断浮出水面，并在社会上产生了恶劣的影响，同时，也引起了国家相关部门的警觉和重视。
2004年7月15日，国家建设部紧急发出建金字(2004)122号文件《关于对使用住房公积金购买国债情况进行自纠自查的通知》，要求在国务院有关部门没有制定《住房公积金购买国债暂行办法》以前，各公积金管理中心一律暂停在证券交易市场进行国债买卖和回购的业务，公积金管理中心在证券公司资金结算户中的资金应立即收回。7月30日，云南省建设厅康向萍助理巡视员在丽江召开的全省住房公积金中心主任会议中明确指出：“国债购买计划须经过管委会讨论通过才能实施，并严格按照国家有关规定进行操作，严禁公积金管理中心与金融机构签订委托理财协议”。8月6日，云南省建设厅也以云建房595号文件的形式，将建设部紧急叫停公积金投资国债行为的文件转发给省内各公积金管理中心，要求“凡购买国债的品种、期限、利率等与财政部发行国债不一致的，签订了委托协议的，各公积金管理中心应立即依法解除协议，尽快收回资金”，再度重申建设部的“叫停令”。
双重禁令，却无法阻止丽江市住房公积金管理中心的一意孤行。
2004年10月21日，王琼英以(2004)16号文件向云南省建设厅公积金监管处报告，要求按照与中科公司签订的协议(经查事实上并无此协议)在12月份购买最后一批国债。
2004年11月1日，云南省建设厅公积金监管处复函明确要求“请你中心严格按照云建房(2004)595号规定，在国务院有关部门没有出台《住房公积金购买国债暂行办法》之前，一律暂停在证券交易市场进行国债买卖和回购业务，在建设部清理国债购买通知下发后，你中心必须立即中止与中科证券公司签订的分期购买国债协议，不得违规在中科证券公司新购国债”。
然而，建设厅明确复函之后，王琼英继续采取隐瞒实情等手段，指令和志辉安排财务人员于该年11月5日到12月 20日分3次共计上划4000万元住房公积金到21000217账户准备购买国债。
2005年1月24日，经王琼英签发，丽江市住房公积金管理中心再次以文件形式向住房公积金管理委员会请示“ 决定将拟购买国债的沉淀资金暂作1年内短期定期存款处理，以减少利息倒挂造成的损失，待允许购买时，中心将按相关规定购买国债”，得到批准后，丽江市公积金管理中心分两次上划共计4000万元到21000217账户准备购买国债。同年 7月18日，丽江市住房公积金管理中心在中科证券新开21000866账户，并将上述8000万转入新账户。对此，丽江市住房公积金管理委员会原常务副主任杨勇、副主任周毅在证言中表示，对“中心”划出8000万元国债备购金一事并不知情。
当时，此笔8000万元的资金已经被中科证券公司支用，不在中科昆营部。由于中科证券公司对该笔资金向中科昆营部支付过业务拓展费，且21000866无对应的证券账户，该资金被界定为债权债务，纳入中科证券公司破产程序处理，致使7360万元住房公积金至今无法收回。
2007年9月7日，北京市第二中级人民法院裁定宣告中科证券公司进入破产还债程序，并于9月17日发出通知，认定丽江住房公积金管理中心的债权为9326万余元。
经丽江市中级人民法院二审判决，王琼英因滥用职权罪被判处有期徒刑6年。
血汗钱流失窟窿难填
与丽江近亿元住房公积金损失案有着千丝万缕联系的是中科证券昆营部。中科证券昆营部为了从云南各地套取住房公积金购买中科证券的国债，可谓费尽心机。
中科证券昆营部为了方便接收总公司下拨的业务拓展费(居间费)，专门设立了一个“昆明广博投资咨询有限公司” 。
证据显示，2004年12月22日，王琼英为其女儿王清购买了昆明创意英国英伦苹果公园商品房一套，价值43 万余元。购房款当日便由昆明广博投资咨询有限公司转账付清。直到2005年12月，王琼英才以电汇的方式将该笔款项还给中科证券昆营部经理张广南。昆明广博投资咨询有限公司没有财务账，只有流水账，其中有多笔业务拓展费都转入房地产公司用于支付房款。2005年7月，该公司向丽江住房公积金管理中心户名为和木兴的账户中支付30万元的业务拓展费。2 004年7月，该公司将一辆车牌号为云ABE810的尼桑车无偿借给丽江住房公积金管理中心使用到2005年下半年才收回。张广南在证言中也承认，中科证券昆营部开展与丽江住房公积金管理中心的业务后，从总公司处获得了108万元的业务拓展费，划到昆明广博投资咨询有限公司营业部，自行支配。
由于丽江市住房公积金管理中心购买国债导致住房公积金重大损失，丽江市职工参与缴存公积金的热情和信心受到影响，缴存人数呈下降趋势。而在案发之后，丽江住房公积金管理中心门口一度排起了长队，都是要求取回自己公积金的干部职工。
