2003年互联网的冬天以及和百度不断升级的竞争促使周鸿祎主动去寻求合作方和收购方。众多收购方中雅虎开出的条件让他非常动心——提供搜索技术的支持以此增加对百度的竞争力。
对于雅虎开出的1.2亿美元的收购价格，周鸿祎当时也很满意。双方签订了一个为期两年的协议约定：雅虎首次支付50%的金额给周鸿祎，同时周鸿祎执掌收购了3721的雅虎中国，如果第一年能完成利润和收入，再行支付25%，第二年则要实现双倍的利润和收入，才能拿到最后的25%(具体的利润和收入金额因保密条款的限制目前尚不得而知)。这个签署于2003年11月21日的协议为日后周鸿祎和雅虎美国的冲突埋下了伏笔。
“我有虚荣心，如果别人都做不好雅虎中国，而我能做好，那证明我很棒。”周鸿祎说。
于是，外界看到的2004年的雅虎中国，风云迭起。
6月份，推出了独立于雅虎域名的搜索品牌“一搜”，主打MP3搜索市场。7月份，紧随google，把雅虎原来只有6M的邮箱扩容到1G，搅乱了国内的市场。紧接着，免费为小公司制作有他们自己后缀名的邮箱，只要求登陆页面显示雅虎邮箱。
但外界看不到的是，对于周鸿祎的经营方针，“雅虎总部都不满意。”一位雅虎中国原高层透露，“一搜”的计划用了6个月的时间，仍然没有得到总部的批示；雅虎和中小企业的合作，被认为丢了“根本”——后缀名。而且文化的冲突也导致了技术上的不合作和不支持。2004年4月时，雅虎中国计划扩容邮箱，但负责邮箱的高级工程师拒绝提供任何合作，因为他有情绪，觉得雅虎中国被一个野蛮人接管了。周鸿祎一怒之下给雅虎总部写信要求开除，结果反而是这名工程师被调到了美国。同一件事，网上流传的版本是为了开除一个员工，周鸿祎给总部写信，他不走，我就走。
“雅虎中国想做什么，我自己也做不了主。”从雅虎中国离职以后，周鸿祎曾对媒体倒过这样的苦水。
更大的矛盾还在后面。2004年年终，虽然经过普华永道的专业审计，证明雅虎中国的利润和收入达到了合同上既定的目标，但雅虎总部负责收购的部门还是在其他问题上提出质疑，比如放弃雅虎后缀名的邮箱有损品牌形象，比如要求员工人数第一年350人，第二年400人，但第一年周鸿祎就已经招了500名员工。收购部门的逻辑很明确：用最少的金额买最好的公司。
这时，周鸿祎开始意识到2005年的双倍利润收入的目标可能是一个“陷阱”。“周鸿祎告诉我一个金额，问我2005年能不能达到，我很肯定地告诉他达不到，即使只做赚钱的业务。”当时还是副总、主管雅虎中国经营的田健回忆。
“当时双方已经陷入了一种相互不信任的状态，这是合作中最要不得的。”王峻涛说。
2005年能不能达到双倍的利润和收入，当时是一个未知数，但至少如果要继续发展2004年的长线业务，必须加大投入，并且只能向雅虎总部申请。
周鸿祎透露，他当时提了两个方案——收购金额不变，长线的邮箱和搜索业务再拨一笔额外的费用；或者双方都退一步，协议提前结束，最后支付的金额不按照当初设定的利润收入目标来确定，而是直接确定一个比原定收购价格低的金额，但雅虎总部都不同意。
这个谈判就此陷入了僵局，2005年上半年，雅虎中国的业务几乎停顿，员工人心惶惶。当时的一名雅虎员工如此说。
据一位雅虎中国原高层透露，2006年5月，在越洋电话里吵了5个月后，性急的周鸿祎摔了电话，直接飞去了美国总部，向杨致远表达了自己的不满：“要钱不给钱，要人不给人，没法干了。”雅虎总部也给周鸿祎提了一个方案，请周鸿祎和他的团队留下，按收购金额原价支付属于周鸿祎的那部分股权，但周鸿祎不要介入支付给其他股东的金额，这一次，换成了周鸿祎不同意。7月，周鸿祎正式对外宣布离职。
令所有人吃惊的是，在周鸿祎宣布离职后不到一个月，雅虎就宣布了和阿里巴巴的合作，阿里巴巴收购雅虎中国，连带3721也成了阿里巴巴的产品线之一。“这个消息，你可能比我知道的都早。”周鸿祎对记者说。
对于这个结果，周鸿祎并不讳言他的愤怒，尤其是对8月11日的阿里巴巴入主雅虎中国的员工大会上，马云所表示出的拿下3721的喜悦。当时的雅虎员工在情绪上也很难接受，从一个国际化大公司的员工变成了本土公司职员，马云的讲话引来的是一阵倒彩，即使是今天非常欣赏阿里巴巴文化、欣赏马云的田健，当天也只听了十分钟就愤而离席。
但周鸿祎透露，收购前马云曾经电话咨询过他和国外公司谈合作的注意事项，周鸿祎提醒他一定不能签署当年3721和雅虎这种协议，当时周鸿祎并没有想到马云正在谈判的国外公司正是雅虎美国。
周鸿祎离职后，田健执掌的阿里巴巴雅虎在很多业务上进行了调整：取消门户专注搜索；3721更名为雅虎助手；调整渠道策略，将渠道商从周鸿祎时期的五六千家锐减到目前的五六百家。对此，周鸿祎均提出质疑。双方的矛盾也开始越积越深。
周鸿祎究竟做了什么？
带着不满离开雅虎中国之后，周鸿祎究竟做了什么，成了今天这场口舌之战争论的焦点。
当当网总裁李国庆认为这就是一场攻心之战，是阿里巴巴最擅长的策略——从心理上打垮对手。但他觉得争论的问题本身有待商榷，“企业的道德边界从来就是模糊的，更不用说互联网行业的道德边界。”不管怎么说，李国庆还是认为阿里巴巴雅虎的攻击有些“过了”。
周鸿祎离开雅虎中国之前，向员工发放了一笔奖金，当时作为公司高管的田健拿到了250万元，这笔钱的所有权以及是否悉数发放成为争论的一个焦点。阿里巴巴雅虎指责周鸿祎混淆了这笔奖金的所有权，用本来属于雅虎总部的钱收买人情。周鸿祎的解释是：“雅虎这种国际大公司，有独立的法物财政体系，不可能直接授权个人发放。”
周鸿祎离开雅虎中国的前后，有100多名员工先后离开。阿里巴巴雅虎称有证据显示周鸿祎威逼利诱员工离开，周鸿祎回击时藉此批判阿里巴巴雅虎：“数百人在一年的时间里面陆续离开一个公司能把责任都栽到我头上吗？这一年来，企业多次调整战略，每一次撤销一个部门必然伴随着一些员工的离职。”
