暗中保护中共特别支部
此后，吴仲禧长期隐蔽在国民党军队的高层从事统战和情报工作，并与中共地下党领导人潘汉年、王绍鏊一直保持单线联系。在国共第二次合作的抗日战争期间，他在第四战区司令长官张发奎部队中任少将高参、军务处长、韶关警备司令、中将军法监等职，努力掩护和配合隐蔽在张发奎部队中的中共特别支部（公开身份为战地服务队）的工作，暗中保护八路军驻韶关办事处的活动，并团结张发奎身边一批开明的高级军官，如参谋长吴石、副参谋长陈宝仓等。
最大憾事：同事吴石潜伏台湾 遭叛徒出卖被杀害
电视剧《潜伏》中余则成最后去台湾继续潜伏，成为中共地下党的“密使”。现实中也真有这么一位被称为“密使一号”的人物，他就是受中共情报部门安排承担潜伏任务的国民党国防部参谋次长吴石中将。吴石后来遭叛徒出卖，被国民党杀害，成为吴仲禧平生一大憾事。
吴石是吴仲禧的福州同乡和保定军校同学，又几度同事，两人关系非常密切。“父亲一直鼓励他向中共靠拢。新中国成立前夕，父亲去香港与即将赴台的吴石见面。”吴群策说，当时父亲劝吴石留下来，吴石却说自己觉悟太晚，为人民做事太少，趁着未暴露去台湾多为人民做点工作。不料几个月后，便传来吴石身份暴露被害的消息。吴仲禧在1983年去世前写了一篇名为《回忆吴石烈士》的文章。
吴仲禧与妻子相守65载
吴群继说，父亲严格按组织纪律进行单线联系，不事张扬。家里人不知道他是中共地下党员，1941年就已是中共党员的大哥吴群敢（1950—1956年间曾任周恩来办公室秘书）也是直到新中国成立前夕有一次组织派他为父亲传递情报，才知父亲也是同路人。直至1955年，经组织决定，这位有18年党龄的老党员身份才浮出水面。
吴仲禧的8个子女最大的90岁，最小的65岁，有机关干部、专家学者，也有普通产业工人。吴群继说：“父亲一生生活俭朴，与母亲相守65载。我们8兄妹在他的言传身教下都健康成长，他从不插手子女的工作安排。”
