周恩来对商团事件的态度十分明朗和坚定。10月10日,中共广东区委员会在广州举行纪念双十节”集会,周恩来在会上发表声讨商团的演讲,大会决定将双十节取名警告节。会后,各界群众游行,遭商团袭击,当场死20余人。接着中共广东区委发表宣言,强烈要求严惩商团,力劝孙中山与商团决一死战。事态恶化后,孙中山在共产党人的一再催促下,终于决心剿灭商团,蒋介石率黄埔学生参加了战斗,革命军在工农群众积极帮助下,迅速击溃商团军,取得了重大胜利,广东局势转危为安。所以说,在平定商团事件过程中,周恩来和蒋介石都担当了重要角色。
在对待依附于孙中山旗帜下的杨希闵、刘震寰叛乱问题上,蒋介石与周恩来也是比较一致的。
滇桂军由于1923年帮助孙中山打下广州,乘机扩充实力、霸占财源、争夺地盘,根本不把蒋介石放在眼里。1925年3月12日,孙中山逝世后,广东革命政府群龙无首,杨希闵、刘震寰要推挂名的副帅唐继尧继任大元帅。但在梅县东征前线的蒋介石坚决反对,他发表谈话,指出杨希闵已通敌。共产党人一直主张消灭杨、刘军阀部队,1925年6月,滇、桂军勾结北洋军阀形迹暴露,举行叛乱,革命政府下令讨伐。蒋介石、周恩来率东征军回师广州,成为平定叛乱的主力,他们都在平叛中发挥了重要作用。
刘、杨叛乱平定,蒋介石继杨希闵任广州卫戍司令,黄埔军成为仅次于许崇智粤军的广东境内实力最雄厚的部队。
从1925年6月中旬起。广东革命政府决定以强硬手段实行财政统一,蒋介石派黄埔军进入广州城,准备对付粤军中的不良部队,此举得到黄埔军校政治部主任周恩来及共产党人的大力支持。
廖仲恺被刺杀时,蒋介石以广州卫戍司令身份在广州实行戒严。周恩来、陈赓等共产党人连续几夜率黄埔学生军搜捕廖案疑犯以及广东不良军阀林树巍等。国民党中央和国民政府推举汪精卫、蒋介石和许崇智组成特别委员会,负责处理廖案,周恩来则担任廖案检察委员会委员。
廖案的发生涉及与胡汉民、许崇智有关的人员,胡、许离开广州出走,蒋介石掌握了军事领导权。
在两次东征中,周恩来与蒋介石也是合作的。
1925年10月,广东革命政府举行第二次东征,东征军由蒋介石任总指挥,周恩来任总政治部主任。当东征军攻打惠州城时,由于敌人凭借惠州天险死守,几天连攻不下。此时,周恩来和蒋介石亲临炮兵阵地上指挥作战,何应钦在惠州城门外督战。最后城墙被火炮打开了一丈多长之缺口,黄埔军即开始爬城,在爬城战斗中。共产党员刘尧震等英勇牺牲,敌军终于战败,惠州天险被攻破。
接着东征军继续前进,当军队进至紫金时,东征军指挥部被敌军包围。共产党员陈赓奋不顾身,把蒋介石从危险中抢救出来。
第二次东征途中,蒋介石很重视周恩来的政治工作。于12月上旬,致信周恩来,责成整顿各部党务,蒋介石在信中说,“恩来吾兄鉴:本军各团党部。实在是有名无实。”蒋介石要求“在此作战期间,赶紧先把第一师各团党部整顿起来”。周恩来接信后的第二天,就在第一师各团党部开展整顿工作。