EA-6B使用吊仓式安装，可使用吊仓混合装置对付特定的威胁，改善了灵活性。飞机最多能载5个吊仓，而典型任务则载3个。由一组发射机对抗不同辐射体频率，发射机覆盖8个特定频段。
干扰系统的心脏是CPU，它完成干扰机管理，威胁数据处理和操作员显示生成。系统集成接收机(SIR)组向CPU提供基本威胁数据，然后CPU将该数据与可编程的脉冲重复频率、波长、战斗序列和位置信息加以比较，识别出辐射体。CPU推荐干扰选择方案或自动地作出选择，控制发射波束并检查发射机调谐精度。
EA-6B的外形与A-6的各型号基本相同，但机头较长，以容纳4座的座舱和设在机背的大型电子设备舱;对机翼作了加强，以适应总重增大和疲劳寿命的要求;加强了起落架与着舰钩的结构;4名机组人员位于两个前后隔离的舱室内，除了前舱的一名驾驶员和后舱的一名导航员外，两个舱各有一名电子战操作员，后舱的负责ALQ-99战术干扰系统的操作，前舱的则负责通讯、导航、自卫电子干扰和箔条弹的发射，每名电子战操作员都能独立进行侦察和实施干扰;可携带AGM-88A“哈姆”反辐射导弹。
除标准型外，EA-6B还有几种不同改型：
EXCAP 在标准型的基础上加强了作战能力，共生产了25架。
ICAP-1 增强了电子干扰能力，该型号已全部改进为ICAP-2。
ICAP-2 进一步加强电子干扰能力。
ADVCAP 由ICAP-2改装而成，更换了新的机载设备，加强了飞机的外挂能力，改进了机翼的气动外形，换装了推力更大的发动机。
