目前，科研院所是我国种子研发的主力，我国每年通过国家审定的品种约150个，省级审定品种近千个，其中90%以上由科研院所完成。郑风田认为，国家应该充分利用现有的科研资源，国内知名的种业专家都在科研机构中。
“目前有一些企业和人员，呼吁国家扶持制种企业，我不认同这种做法。”郑风田表示，“种子研发是钱堆不起来的，人为的扶持几个企业也不一定能扶起来，因为种子行业周期很漫长，有自己的规律。”一个新种子产生需要7到8年时间，研发时间长，比较适合科研机构，企业则更热衷于追求短期效益。
他同时表示，如果由企业主导研发，将来新品种推广时，价格一定会很高，“这将增加农民负担，农民种田本来就没什么利润”。如果交给科研机构，则可以将研究出来的产品低价卖给农民，使农民得到实惠，而蔬菜瓜果等经济作物的种子研发，则可以交给企业做。全国人大代表、黑龙江省齐齐哈尔市农业技术推广中心副主任谭志娟也认为，政府应将资源倾向于科研院所。
隆平高科总裁刘石则认为，“基础性科研应由科研机构来做，应用性科学则应交给企业”，政策资源集中在科研院所，不利于种业长期发展，“科研机构从事研发的动力是发论文，评职称，形不成产业化思路”。
他表示，目前的种业市场其实是“科研双轨制”，在农业育种领域，实际是拿国家的科研经费补贴重复、低效运作的科研单位，然后在市场上进行种种不规范的经营和竞争，最后利益落入小集体和个人腰包。如果“科研双轨制”不结束，种子行业的产业化根本形成无望。
国际上，开发新品种是种子企业生产的核心环节，也是企业核心优势的体现，杜邦先锋在中国的合资公司，要向其缴纳销售收入的10%作为授权费用。而在国内，过去10年80%新品种来源于科研单位，2000~2008年，我国审定3200个玉米品种，但进入市场的屈指可数。
国内科研院所在研发领域占据绝对优势格局，是计划经济传统的延续，在计划经济时代，育种归科研单位，制种归种子公司，销售归当地种子站，整个行业被切割成三块。
