此外，补偿标准也是《集体土地征收补偿条例》中广受关注的焦点。姜明安提出，征收补偿的途径应该是多元化的，包括交易的支付也可以有多种途径，现在的补偿方式是政府用土地，给农民货币补偿，对于能够运营的土地，如果农民可以用集体土地入股，就可以保证子孙后代的持续性收益，而不仅仅是保证三五年。在补偿原则上，应该包
括对被征收人房屋建筑物的一并补偿，保证被征收人的基本生活条件。
在目前征地补偿的分配中，地方政府常常在其中扮演了与农民对立谈判的角色。中国社科院农村发展研究所原所长张晓山认为，民间版《集体土地征收补偿条例》提出，除去征收拍卖必要费用外，土地出让金的95%交还被征收土地的村集体进行分配，这个提法虽好，但目前征地补偿的问题还要根据《土地管理法》来执行，因此很难行得通。
张晓山说，虽然目前看文件的提法是确保农民在土地增值中的收益权，但是补偿的分配最终涉及到一个大的利益格局：农民和政府、地方政府和开发商之间的利益分配。很多情况下是村干部和开发商、地方政府结成一个同盟，而农民被蒙在鼓里。村集体的干部本身是村民的代表，应该是村民的代理人，却往往成了村民的“主人”，使原来的集体经济在很多情况下变成了“干部经济”。所以涉及集体经济中的补偿分配，必须保证真正能监督干部的行为、监督集体经济资产的使用，关键是需要建立一个有效的制衡机制，能够保证村干部又是村民的带头人，但权力又受到制约。
地方政府与开发商利益上站到一起，从根本上是土地财政在起作用。国土资源部法律中心专家咨询委员会主任、中国政法大学教授王卫国表示，集体土地征收制度未来的改革方向应当是限制土地财政，发展土地市场，地方政府不能继续依赖于土地财政和土地垄断模式，把发展建立在争夺土地、牺牲农民利益的基础上，而是要在互利共赢的基础上，让农民参与开发、受益于开发，政府则通过税收、产业振兴和增加就业来间接受益。
与上位法的矛盾
专家称如果《土地管理法》不先行修改，出台的条例有可能造成“一搞就违法”的情况不过在学界人士看来，《集体土地征收补偿条例》的出台仍存在法律框架下的难题。张晓山认为，这个条例首先存在一个立法目的和立法依据的问题，我国的《土地管理法》从颁布到现在已经有较长时间，实践证明有些条款已经不适宜现在的形势。而要依据这个《土地管理法》来制定《集体土地征收补偿条例》，显然会存在一些矛盾和问题，如果《土地管理法》不改，出台条例恐怕很难理顺关系。
张晓山认为，从逻辑和法理上来讲，先对《土地管理法》进行修订，在此基础上再出台《集体土地征收补偿条例》可能有比较好的效果，这是一个上位法和其他法律之间关系的问题。
《集体土地征收补偿条例》作为一部行政法规，位阶是否足够高也是争议的一个焦点。姜明安说，按照《立法法》第八条第六项规定，对非国有财产的征收必须制定法律。《立法法》同时规定，基本经济制度以及财政、税收、海关、金融和外贸的基本制度，也需要通过制定法律来解决，从这两条来看，对集体土地征收只制定条例是不行的。虽然全国人大及其常务委员会有权授权国务院，可以根据实际需要对其中的部分事项先行制定行政法规，但是仍然需要以《土地管理法》为依据，而两者之间的矛盾极易造成“一搞就违法”的情况，因此《土地管理法》的修订必须先行完成。(记者 王秋实)
